典型文献
基于生物信息学多数据库探讨半夏泻心汤干预胃癌细胞焦亡的分子机制
文献摘要:
目的:基于生物信息学多种数据库,探讨半夏泻心汤(BXXXD)干预胃癌(GC)细胞焦亡(pyroptosis)的分子机制,为胃癌患者生存、预后提供新思路。方法:本研究使用到的生物信息学数据库包括中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional TCMSP)、有机小分子生物活性数据(Pubchem)、String、人类基因的综合数据库(Genecard)、基因表达综合数据库(GEO)、癌症基因组图谱(TCGA)等。首先利用中药复方网络药理学方法获取"半夏泻心汤→胃癌→细胞焦亡"共有靶点并对其进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析;其次利用GEO数据库对胃癌芯片进行差异分析,绘制其差异表达基因(DEGs)火山图及热图,并利用韦恩图获取"半夏泻心汤→胃癌DEGs"共有靶点。通过TCGA数据库获取临床胃癌患者信息,比较正常组、胃癌组相关靶点的表达水平差异,并分析各靶点的表达水平与胃癌患者临床病理特征的关系。结果:半夏泻心汤干预胃癌细胞焦亡共有29个靶点,多生物进程、多细胞组分、多分子功能、多条KEGG信号通路发挥作用,其中最主要的可能是:在细胞质中,分子靶点之间蛋白相互结合,通过神经活性配体-受体相互作用信号通路,正向调控转录途径的生物进程。进一步研究发现促胃泌素受体抗体(CCKBR)、ATPase H
+/K
+转运亚基Alpha(ATP4A)、ATPase H
+/K
+转运亚基Beta(ATP4B)为"半夏泻心汤→胃癌DEGs"的3个共有靶点。正常组与胃癌组分子靶点CCKBR、ATP4A、ATP4B的表达差异具有统计学意义(均
P<0.05)。胃癌患者的CCKBR表达水平与年龄、T分期、M分期有关(均
P<0.05),ATP4A表达水平与年龄、T分期有关(均
P<0.05),ATP4B表达水平与组织学分期、T分期、N分期有关(均
P<0.05)。
结论:利用生物信息学方法,通过多种数据库获取了半夏泻心汤干预胃癌细胞焦亡的相关靶点,并对该靶点与胃癌临床病理特征的关系进行了初步探讨,为中医药干预肿瘤疾病提供了新的研究方法。
文献关键词:
胃肿瘤;细胞焦亡;半夏泻心汤;生物信息学;差异分析
中图分类号:
作者姓名:
郭杨;喻斌;徐寅
作者机构:
湖南中医药大学第一附属医院脾胃病科,长沙 410007
文献出处:
引用格式:
[1]郭杨;喻斌;徐寅-.基于生物信息学多数据库探讨半夏泻心汤干预胃癌细胞焦亡的分子机制)[J].中国医师杂志,2022(12):1800-1806
A类:
BXXXD,CCKBR,ATP4A,ATP4B
B类:
半夏泻心汤,胃癌细胞,细胞焦亡,pyroptosis,胃癌患者,系统药理学,分析平台,Traditional,TCMSP,有机小分子,Pubchem,String,人类基因,Genecard,基因表达综合数据库,GEO,癌症基因组图谱,TCGA,中药复方,网络药理学,基因本体,京都基因与基因组百科全书,差异表达基因,DEGs,火山图,热图,韦恩图,患者信息,较正,临床病理特征,多生,多细胞,多条,细胞质,分子靶点,白相,相互结合,胃泌素,ATPase,H
,K
,亚基,Alpha,Beta,表达差异,利用生物,生物信息学方法,中医药干预,肿瘤疾病,胃肿瘤
AB值:
0.231731
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