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拉沙病毒密码子偏性分析
文献摘要：
目的:研究拉沙病毒（Lassa virus，LASV）密码子使用偏性及其偏性形成的影响因素，比较LASV和几种表达系统密码子使用频率，为LASV重组亚单位疫苗、mRNA疫苗、DNA疫苗等基因工程疫苗的制备筛选出最优外源表达系统。方法:使用Excel 2007、EMBOSS、CondonW1.4.2、SigmaPlot 14.0、SPSS 22.0等软件分析LASV核心蛋白（nucleoprotein，N）、包膜糖蛋白（envelope glycoproteins，G）、锌结合蛋白（zinc-binding protein，Z）、RNA聚合酶（RNA polymerase，L）蛋白共446条基因序列的密码子偏性及其影响因素，并将LASV密码子使用模式与几种不同表达系统进行比较。结果:LASV的各蛋白编码序列的各位置GC含量存在较大差异，各蛋白平均GC3含量为42.29%~59.47%，ENC均值41.73~52.81，除Z蛋白密码子偏性较强外，N、G、L三种蛋白密码子偏性较弱。4种蛋白RSCU>1的密码子共108个，约占45.76%，其中以A/U结尾占63.9%，GUU、GUG、UCU、UCA、CCU、ACA、GCU、GCA、AGA、AGG为LASV多数蛋白的高频密码子，GCA、AGA为4种蛋白共有的高频密码子。ENC-Plot、中性分析、PR2绘图分析显示，LASV的各蛋白密码子使用偏性受到不同因素影响，其主要因素是自然选择，突变是次要原因。对比分析提示人和酵母菌是LASV较合适的外源表达系统。结论:LASV 4种蛋白偏向使用A/U结尾的密码子，目前自然选择是其偏性的主要影响因素，与常用表达系统密码子偏性比较分析提示人和酵母菌是LASV疫苗制备的最优外源表达。
文献关键词：
拉沙病毒;密码子偏性;高频密码子;外源表达
中图分类号：
作者姓名：
李志豪;尚方建;孟余;刘奇;王聪
作者机构：
大理大学基础医学院病原生物学综合实验室 671000
文献出处：
引用格式：
[1]李志豪;尚方建;孟余;刘奇;王聪-.拉沙病毒密码子偏性分析)[J].国际病毒学杂志,2022(03):210-215
A类：
拉沙病毒,Lassa,CondonW1
B类：
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AB值：
0.305774
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