典型文献
与甲型流感病毒NP蛋白相互作用的宿主因子的筛选与分析
文献摘要：
筛选与甲型流感病毒(Influenza A virus,IAV)NP蛋白相互作用的人类宿主蛋白,并对其进行分析,为抗流感病毒新药的研发提供依据.利用蛋白质芯片技术,将两张HuProtTM20K芯片分别与实验组(NP蛋白)和对照组(灭活生物素)样本杂交孵育,扫描芯片读取数据.计算各位点的原始信号强度I(I=F635 Median/B635 Media)用于数据分析,并进行Z-Score标准化处理,筛选出芯片上两重复位点均满足Z-Score≥3的蛋白,即认为该蛋白与样本相结合.对NP样本特异性结合蛋白进行GO、KEGG分析,计算这些蛋白在各组内两原始信号强度的均值IMean及组间比值IMean_Ratio(实验组_vs_对照组),筛选出IMean_Ratio≥1.4的NP显著特异结合蛋白,将实验组显著特异结合蛋白导入Human proteome map、VirHostNet3.0数据库,在malacards数据库中检索Influenza,将得到的流感相关蛋白与显著特异结合蛋白进行比较分析.筛选出NP宿主蛋白176种,GO分析结果显示,这些蛋白主要是作为结合蛋白参与剪接过程.KEGG富集分析结果显示NP宿主蛋白显著富集到剪接体通路、内吞通路、抗原加工与呈递通路(P＜0.05).有5个显著特异结合蛋白同时参与到与流感最相关的两条通路中,这5个蛋白分别是RASAL3、PTK2、PSMC4、PSME1 和 CD80,其中,除蛋白 RASAL3、CD80外,蛋白 PTK2、PSME1 和 PSMC4在成人肺组织中皆有表达.查阅相关资料,蛋白PTK2已被证实可与甲型流感病毒NP蛋白相互作用,参与调控病毒的复制过程.后续可进一步展开实验,验证蛋白PSMC4、PSME1与甲型流感病毒NP蛋白的相互作用,并探讨这两种蛋白在流感病毒感染过程中发挥的作用.
文献关键词：
NP蛋白;人类蛋白质芯片;宿主因子;生物信息学分析
中图分类号：
作者姓名：
陈梦苹;崔晓兰;郭姗姗
作者机构：
中国中医科学院中药研究所,北京100700
文献出处：
引用格式：
[1]陈梦苹;崔晓兰;郭姗姗-.与甲型流感病毒NP蛋白相互作用的宿主因子的筛选与分析)[J].病毒学报,2022(02):385-393
A类：
HuProtTM20K,芯片读取,F635,B635,IMean,VirHostNet3,malacards,RASAL3,PSMC4,PSME1,人类蛋白质芯片
B类：
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AB值：
0.247489
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