典型文献
基于GEO数据库的肺纤维化相关差异表达基因生物信息学分析
文献摘要：
目的 利用生物信息学工具筛选在肺纤维化中差异表达的基因及信号通路,为肺纤维化的研究提供新思路.方法 在高通量基因表达(GEO)数据库中搜索"Idiopathic?pulmonary?fibrosis",下载含正常肺组织和肺纤维化的芯片数据集GSE53845,使用GEO2R分析并筛选出IPF和正常肺组织之间的差异表达基因.通过DAVID网站对筛选出的基因进行富集分析,利用STRING数据库对获得的差异基因进行蛋白互作(PPI)网络构建.最终通过Cytoscape对PPI网络进行可视化分析并筛选核心基因.结果 IPF组织中涉及差异表达基因共148个,其中高表达108个,低表达40个.GO富集分析显示差异表达基因主要富集于趋化因子活性、细胞因子活性等;KEGG通路富集分析显示差异表达基因主要富集于细胞因子-细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路等.通过STRING数据库和Cytoscape软件筛选出趋化因子、基质金属蛋白酶等核心基因.其中趋化因子、细胞因子等基因与肺纤维化的发生发展关系密切.结论 趋化因子、细胞因子等基因表达可能在肺纤维化的发生发展过程中起重要作用.
文献关键词：
肺纤维化;生物信息学;基因靶点
中图分类号：
作者姓名：
冉小琴;姚钦;姜望予;屠思懿;龙梦;陈芳
作者机构：
310053 浙江中医药大学第一临床医学院;310000 浙江省中医院
文献出处：
引用格式：
[1]冉小琴;姚钦;姜望予;屠思懿;龙梦;陈芳-.基于GEO数据库的肺纤维化相关差异表达基因生物信息学分析)[J].浙江临床医学,2022(12):1755-1758
A类：
GSE53845
B类：
肺纤维化,差异表达基因,生物信息学分析,利用生物,生物信息学工具,Idiopathic,pulmonary,fibrosis,下载,肺组织,GEO2R,IPF,DAVID,STRING,差异基因,蛋白互作,PPI,网络构建,Cytoscape,核心基因,低表达,趋化因子,通路富集分析,细胞因子受体,基质金属蛋白酶,发展关系,基因靶点
AB值：
0.227792
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
