典型文献
基于生物信息学对胃癌生存预后相关基因的分析
文献摘要：
目的:通过生物信息学方法对胃癌芯片数据集进行分析,获得与胃癌生存预后相关的基因.方法:从NCBI GEO数据库下载与胃癌相关的数据集GSE19826、GSE29998、GSE54129、GSE79973,利用R软件对数据集进行差异分析并整合,获取差异表达基因,利用DAVID、String、KM-Plot等在线分析网站对差异表达基因进行功能分析、蛋白质间相互作用以及与胃癌预后的关系,利用Cytoscape对分析结果进行可视化处理,得出候选关键基因13个:FNDC1、CTHRC、COL1A1、COL1A2、COL6A3、COL10A1、INHBA、SULF1、SFRP4、BGN、THBS2、THY1、TIMP1.结果:通过对四个芯片数据集进行差异分析及整合后获得上调基因21个,下调基因27个,这些差异表达基因大多富集于细胞外基质、内质网腔等,主要参与胶原蛋白分解、细胞黏附等生物学功能,涉及蛋白质的消化与吸收通路、细胞外基质通路、局部黏附通路以及细胞色素P450代谢通路;并且筛选出的关键基因均与胃癌的预后有关.结论:生物信息学方法可以有效、大规模地分析并获得与胃癌生存预后相关的关键基因,为癌症的诊断及治疗提供了新的方向.
文献关键词：
胃癌;生物信息学;预后;基因
中图分类号：
作者姓名：
刘丽丽;朱芳来
作者机构：
安徽医科大学附属安庆市第一人民医院消化内科,安徽 安庆 246000
文献出处：
引用格式：
[1]刘丽丽;朱芳来-.基于生物信息学对胃癌生存预后相关基因的分析)[J].吉林医学,2022(08):2078-2083
A类：
GSE19826,GSE29998,CTHRC
B类：
胃癌,生存预后,预后相关基因,生物信息学方法,NCBI,GEO,下载,GSE54129,GSE79973,差异表达基因,DAVID,String,KM,Plot,在线分析,功能分析,蛋白质间相互作用,Cytoscape,可视化处理,选关,关键基因,FNDC1,COL1A1,COL1A2,COL6A3,COL10A1,INHBA,SULF1,SFRP4,BGN,THBS2,THY1,TIMP1,细胞外基质,内质网,胶原蛋白,细胞黏附,生物学功能,细胞色素,P450,代谢通路,诊断及治疗
AB值：
0.450244
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