典型文献
鼠伤寒沙门菌sRNA SdsR靶基因的预测及验证分析
文献摘要：
[目的] 筛选鼠伤寒沙门菌sRNA SdsR的靶基因,为明确sRNA与靶基因的互作以及沙门菌的致病机制奠定基础.[方法] 利用TargetRNA2软件预测sRNA SdsR的靶标,基于前期的sRNA SdsR敲除后转录组测序结果,将预测到的基因注释到GO、KEGG以及eggNOG数据库中进行分析,通过RT-qPCR对预测到的杂交能量较高的部分靶基因进行验证.[结果] TargetRNA2软件预测到29个靶标,其中hemA、STM0951、mreC、STM1252、dcoC的杂交能量较高,且能与sRNA SdsR有连续的碱基匹配,分别与鼠伤寒沙门菌血红素合成、氧化还原过程、草酰乙酸脱羧酶的合成、膜的组成部分、细胞质蛋白的合成有关.RT-qPCR结果显示,相对于野生菌株3409,敲除sRNA SdsR后hemA、mreC的表达分别下调0.70和0.39倍;STM0951、STM1252、dcoC的表达分别上调0.51、0.35和1.86倍.[结论] hemA、 STM0951 、mreC、STM1252 、dcoC基因很可能受sRNA SdsR的直接调控且对某些靶基因的表达有促进作用.
文献关键词：
鼠伤寒沙门菌;sRNA SdsR;TargetRNA2;靶基因;转录组测序
中图分类号：
作者姓名：
张家莉;令狐远凤;段世宇;潘永;杨琦
作者机构：
贵州大学动物科学学院,贵州 贵阳 550025;贵州大学动物疫病研究所,贵州 贵阳 550025;贵州省农业科学院畜牧兽医研究所,贵州 贵阳 550025;贵州省动物疫病研究室,贵州 贵阳 550025
文献出处：
引用格式：
[1]张家莉;令狐远凤;段世宇;潘永;杨琦-.鼠伤寒沙门菌sRNA SdsR靶基因的预测及验证分析)[J].福建农业学报,2022(04):439-444
A类：
SdsR,TargetRNA2,hemA,STM0951,mreC,STM1252,dcoC
B类：
鼠伤寒沙门菌,sRNA,靶基因,验证分析,致病机制,软件预测,靶标,敲除,转录组测序,基因注释,eggNOG,qPCR,碱基,血红素,氧化还原,还原过程,草酰乙酸,脱羧酶,细胞质,野生菌株,别下
AB值：
0.14792
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