典型文献
大麻PEBP基因家族鉴定及生物信息学分析
文献摘要：
[目的]对大麻中磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidyl ethanolamine binding protein,PEBP)进行鉴定和生物信息学分析,为PEBP基因家族调控大麻的生长发育及开花奠定基础.[方法]以拟南芥PEBP家族基因作为参考序列,利用NCBI、MEME、TBtools等生物信息学工具对已有的大麻基因组数据进行筛选并鉴定大麻PEBP基因.[结果]从大麻基因组中共筛选出12个PEBP基因,分为FT-LIKE、TFL-LIKE、MET-LIKE三个亚家族,均为亲水性蛋白,分布于细胞质与细胞核中;motif1-motif5为大麻PEBP基因的特征基序,定位在7条染色体上.大麻PEBP基因含有2个外显子及2个以上内含子,其启动子主要含有光反应顺式调节元件、各类激素顺式调控元件,编码蛋白主要由无规则卷曲构成.[结论]共鉴定出12个CsPEBP基因家族成员,通过motif分析、多物种构建进化树,确定大麻PEBP基因具有高度保守性,并预测和分析其潜在的分子功能.
文献关键词：
工业大麻;PEBP基因;功能鉴定;生物信息学分析
中图分类号：
作者姓名：
陈晗;徐洪国;王志刚;徐伟慧;葛宵启;祁宏英
作者机构：
齐齐哈尔大学生命科学与农林学院,黑龙江 齐齐哈尔 161006;寒区麻及制品教育部工程研究中心,黑龙江 齐齐哈尔 161006
文献出处：
引用格式：
[1]陈晗;徐洪国;王志刚;徐伟慧;葛宵启;祁宏英-.大麻PEBP基因家族鉴定及生物信息学分析)[J].福建农业学报,2022(08):1016-1024
A类：
motif5,CsPEBP
B类：
基因家族鉴定,生物信息学分析,磷脂酰乙醇胺,结合蛋白,phosphatidyl,ethanolamine,binding,protein,开花,拟南芥,家族基因,参考序列,NCBI,MEME,TBtools,生物信息学工具,基因组数据,FT,LIKE,TFL,MET,亚家族,亲水性,细胞质,细胞核,motif1,特征基序,外显子,内含子,启动子,光反应,顺式调控元件,编码蛋白,无规则,卷曲,多物种,进化树,保守性,工业大麻,功能鉴定
AB值：
0.36219
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