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基于TCGA数据库应用生物信息学方法分析和挖掘肺腺癌预后和诊断miRNA研究
文献摘要：
目的 基于TCGA数据库,应用生物信息学方法分析和挖掘肺腺癌预后和诊断miRNA生物学标志物.方法 数据下载:从TCGA下载获取肺腺癌miRNA表达谱数据,包括miRNAseq和临床数据.筛选差异表达miRNAs:应用R-version 3.6.2软件中的edgeR包筛选肺腺癌组织和正常肺组织的差异基因,以│logFC│>2,P<0.05为筛选条件.筛选与预后相关miRNAs:应用R-version 3.6.2软件中的survival包绘制KM生存曲线,筛选与预后相关的miRNAs.筛选可作为肺腺癌诊断的miRNAs:应用R-version 3.6.2软件中的pROC包制作受试者工作特征曲线(ROC)评价与预后相关miRNAs诊断肺腺癌的特异性和敏感性.结果 共识别到肺腺癌与正常肺组织差异表达的miRNA 144个,其中上调表达119个,下调表达25个.通过K-M生存曲线筛选出与预后显著相关(P<0.05)的miRNA共13个,分别为hsa-miR-139-3p、hsa-miR-328-3p、hsa-let-7g-3p、hsa-miR-142-3p、hsa-miR-147b、hsa-miR-31-5p、hsa-miR-548v、hsa-miR-188-3p、hsa-miR-31-3p、hsa-miR-490-3p、hsa-miR-4664-3p、hsa-miR-1293、hsa-miR-615-3p,其中hsa-miR-147b、hsa-miR-4664-3p、hsa-miR-1293、hsa-miR-615-3p与预后呈负相关,其他呈正相关.应用ROC评价上述与预后相关miRNAs诊断肺腺癌的特异性和敏感性,其中hsa-miR-147b、hsa-miR-142-3p、hsa-let-7g-3p、hsa-miR-139-3p 4个miRNA的AUC曲线>0.9,分别为0.904、0.927、0.945、0.965,提示具有较高诊断价值及准确性.结论 hsa-miR-147b、hsa-miR-142-3p、hsa-let-7g-3p、hsa-miR-139-3p可作为肺腺癌预后评估和诊断miRNA的生物学标志物,具有重要的临床价值.
文献关键词：
肺腺癌;miRNA;TCGA;预后及诊断评估
中图分类号：
作者姓名：
赵丹;牟海军;石寒冰;毕红霞;姜云飞;刘国华;郑红艳;刘波
作者机构：
齐齐哈尔医学院医学技术系,黑龙江 齐齐哈尔 161005;齐齐哈尔医学院附属第三医院呼吸与危重症医学科,黑龙江 齐齐哈尔 161005
文献出处：
引用格式：
[1]赵丹;牟海军;石寒冰;毕红霞;姜云飞;刘国华;郑红艳;刘波-.基于TCGA数据库应用生物信息学方法分析和挖掘肺腺癌预后和诊断miRNA研究)[J].当代医学,2022(04):33-36
A类：
miRNAseq,147b,548v,预后及诊断评估
B类：
TCGA,数据库应用,生物信息学方法,肺腺癌,生物学标志物,数据下载,表达谱,谱数据,临床数据,version,edgeR,癌组织,肺组织,差异基因,logFC,survival,KM,生存曲线,pROC,受试者工作特征曲线,组织差异表达,hsa,3p,let,7g,5p,诊断价值,预后评估,临床价值
AB值：
0.171303
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