典型文献
肺腺癌诊断标志物筛选及免疫细胞浸润分析
文献摘要：
用生物信息学方法筛选肺腺癌(Lung adenocarcinoma,LUAD)的诊断生物标志物,并分析肺腺癌中免疫细胞浸润情况.从GEO和TCGA数据库下载肺腺癌的表达数据集,利用R软件筛选肺腺癌与正常肺组织间的差异表达基因(DEGs),使用DAVID网站对DEGs进行GO及KEGG富集分析,使用STRING及Cytoscape等工具对DEGs构建蛋白相互作用网络并筛选hub基因;利用Kaplan-Meier法对DEGs进行生存分析,并对hub基因进行ROC分析筛选诊断生物标志物,利用GSEA预测有预后价值的基因参与的信号通路;并用Cibersort软件反卷积算法分析肺腺癌中免疫细胞浸润情况.共得到肺腺癌的234个DEGs,这些基因主要参与信号转导、物质代谢、免疫反应等相关信号通路;构建PPI网络筛选出的20个hub基因中8个存在预后价值(CCNA2、DLGAP5、HMMR、MMP1、MMP9、MMP13、SPP1、TOP2A),ROC分析中DLGAP5、SPP1值分别是0.703、0.706;DLGAP5、SPP1基因表达水平与肺腺癌组织浆细胞、未活化的CD4+记忆细胞、调节T细胞、巨噬细胞M0、M1、M2及中性粒细胞浸润密切相关(P<0.05).肺腺癌中DLGAP5、SPP1具有较高诊断价值且参与肺腺癌组织免疫细胞浸润;DLGAP5、SPP1基因可作为肺腺癌诊断的生物标志物,可为肺腺癌的靶向治疗研究提供新思路.
文献关键词：
肺腺癌;诊断标志物;DLGAP5;SPP1;免疫细胞浸润
中图分类号：
作者姓名：
雷媛娣;刘艳萍;孙站兵;邓伟华;张朝晖
作者机构：
南华大学 公共卫生学院 预防医学系,湖南 衡阳421001
文献出处：
引用格式：
[1]雷媛娣;刘艳萍;孙站兵;邓伟华;张朝晖-.肺腺癌诊断标志物筛选及免疫细胞浸润分析)[J].生物信息学,2022(03):163-172
A类：
B类：
肺腺癌,诊断标志物,免疫细胞浸润,生物信息学方法,Lung,adenocarcinoma,LUAD,诊断生物标志物,GEO,TCGA,下载,肺组织,差异表达基因,DEGs,DAVID,富集分析,STRING,Cytoscape,蛋白相互作用网络,hub,Kaplan,Meier,生存分析,GSEA,预后价值,Cibersort,反卷积算法,算法分析,信号转导,物质代谢,免疫反应,PPI,CCNA2,DLGAP5,HMMR,MMP9,MMP13,SPP1,TOP2A,基因表达水平,癌组织,浆细胞,CD4+,巨噬细胞,M0,M1,M2,中性粒细胞浸润,诊断价值,靶向治疗,治疗研究
AB值：
0.327171
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