目的 利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)探索骨关节炎(OA)发生发展中潜在的分子机制及其关键基因,寻找具有临床诊断和治疗意义的生物标志物.方法 从基因表达综合数据库(GEO)下载GSE114007、GSE57218和GSE169077数据集.利用R语言软件对GSE114007进行差异分析,将差异分析结果得到的差异基因(DEGs)再进行WGCNA构建表达模式不同的基因模块,对与骨关节炎最相关的基因模块进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析.利用STRING和Cytoscape构建蛋白互作网络(PPI),并用cytoHubba插件的degree算法筛选关键基因.结果 GSE114007共筛选出骨关节炎组与健康对照组之间的DEGs1752个,其中上调基因927个,下调基因825个;通过WGCNA构建了6个不同的基因模块,其中棕色基因模块与骨关节炎的相关性最高,共有281个基因;棕色基因模块的GO显著富集在T细胞活化、脂肪代谢、炎症反应等生物学过程,KEGG显著富集在MAPK信号通路、破骨细胞分化途径、mTOR信号通路等信号通路;从PPI网络筛选出DDIT3和BCL6为关键基因,相对于正常对照组,DDIT3和BCL6的表达量在骨关节炎组显著下调.在GSE57218和GSE169077两个数据集中也验证了DDIT3和BCL6在骨关节炎中的表达量显著下调.结论 DDIT3和BCL6与骨关节炎的发生发展存在着密切关联,其可能通过MAPK信号通路、mTOR信号通路参与骨关节炎的发生发展,因此DDIT3和BCL6可作为新的骨关节炎候选生物标志物.

骨关节炎;加权基因共表达网络分析;生物标志物;生物信息学

龙通华;张红参;许冬梅;曾志华;傅子原;关皓邺

右江民族医学院研究生学院,广西百色533000;右江民族医学院附属医院康复医学科,广西百色533000;广西高校重点实验室右江流域特色民族药研究重点实验室,广西百色533000

右江医学

[1]龙通华;张红参;许冬梅;曾志华;傅子原;关皓邺-.基于WGCNA筛选骨关节炎的生物标志物)[J].右江医学,2022(10):733-741

GSE114007,GSE57218,GSE169077,DEGs1752

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