典型文献
基于内质网应激基因识别胃癌分子亚型并建立预后模型
文献摘要：
内质网应激(ERS)是影响癌症发生发展的重要因素之一.本研究的目的在于通过生物信息学方法探讨内质网应激基因在胃癌(STAD)中的表达及预测预后的价值.从癌症基因组图谱数据库(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)获取STAD样本,"ConsensusClusterPlus"R包用于识别胃癌内质网应激相关分子亚型(C1、C2),Kaplan-Meier分析比较分型间生存差异,并进行基于GEO队列的外部验证.基因本体论(GO)富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析比较其差异基因富集通路差异.使用"limma"R包识别分型间差异基因,通过LASSO回归分析构建预后模型,依照风险值中位数将TCGA训练集分为两组,评估免疫细胞浸润显著差异.生存分析显示,C1的生存结局较C2更好.差异分析确定了6个与分型相关的内质网应激基因,GO富集和KEGG通路分析揭示了亚型间差异基因参与了多种细胞和生物学功能.通过LASSO回归分析构建了一个8基因预后模型,Kaplan-Meier分析表明高风险组患者较低风险组生存时间短,ROC分析验证了预测模型在STAD预后预测中的准确性,免疫分析揭示了两组之间免疫细胞浸润差异显著.本研究基于内质网应激基因对STAD患者进行分型,并构建了新的预后模型,具有预测STAD患者预后的作用,并可为个性化治疗提供一些参考.
文献关键词：
胃癌;内质网应激;分子亚型;免疫细胞浸润;预后模型
中图分类号：
作者姓名：
朱畅;王红兵;吕爱红;徐方
作者机构：
徐州医科大学,徐州 221000;徐州医科大学附属医院肿瘤科,徐州 221000
文献出处：
引用格式：
[1]朱畅;王红兵;吕爱红;徐方-.基于内质网应激基因识别胃癌分子亚型并建立预后模型)[J].激光生物学报,2022(05):461-470
A类：
ConsensusClusterPlus
B类：
内质网应激,基因识别,胃癌,分子亚型,预后模型,ERS,癌症发生发展,生物信息学方法,STAD,预测预后,癌症基因组图谱数据库,TCGA,基因表达综合数据库,GEO,C1,C2,Kaplan,Meier,生存差异,外部验证,基因本体论,京都基因与基因组百科全书,通路分析,差异基因,基因富集,富集通路,limma,LASSO,风险值,中位数,训练集,免疫细胞浸润,生存分析,生存结局,生物学功能,高风险组,低风险组,生存时间,分析验证,预后预测,免疫分析,个性化治疗
AB值：
0.280726
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