典型文献
通过生物信息学分析克罗恩病差异表达基因和miRNA
文献摘要：
目的 通过生物信息学分析寻找克罗恩病(Crohn's disease,CD)的差异表达基因及其对应的miRNA,筛选参与CD发展相关的潜在致病靶点,为寻找治疗新靶点提供参考依据.方法 从GE O数据库下载基因芯片,通过分析工具GE O2 R分别对数据集进行分组及分析差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并做线上Venn分析,进行PPI、GO、KEGG分析及miRNA预测.结果 基因本体分析结果显示,DEGs主要集中在炎症反应、中性粒细胞迁移、脂多糖应答、质外体、细胞外空间、细胞外基质、CXCR趋化因子受体结合、趋化因子活性、细胞外基质结构成分等方面,通路分析显示,DEGs基因显著富集在IL-17信号通路、类风湿性关节炎通路、阿米巴病、百日咳、肿瘤坏死因子信号通路等方面.通过Cytoscape筛选出10个hub基因CXCL1、IL1B、TIMP1、CXCL8、IL6、MMP1、SERPINE1、PTGS2、SPP1、MMP2.再利用NetworkAnalyst3.0在线数据库进行可视化分析,可推断hsa-mir-124-3p、hsa-mir-335-5p、hsa-mir-146a-5p、hsa-mir-204-5p、hsa-mir-143-3p等几种microRNA(miRNA)可能在CD的发生发展中起到关键性作用.结论 在CD发病机制研究中,DEGs与疾病的进展密切相关,可通过富集分析和hub基因筛选,以及相关miRNA的推断分析为更深入研究CD的致病机制和寻找新的治疗靶点提供理论依据.
文献关键词：
克罗恩病;GEO数据库;生物信息学分析;hub基因;miRNA
中图分类号：
作者姓名：
陈世锔;张大涯;张发明;陈润祥;张晓冬;白飞虎
作者机构：
571199 海南医学院研究生院;210011 南京医科大学第二附属医院消化内科;570216 海南医学院第二附属医院消化内科;570216 海南省消化疾病临床研究中心
文献出处：
引用格式：
[1]陈世锔;张大涯;张发明;陈润祥;张晓冬;白飞虎-.通过生物信息学分析克罗恩病差异表达基因和miRNA)[J].现代消化及介入诊疗,2022(12):1537-1543
A类：
NetworkAnalyst3
B类：
生物信息学分析,克罗恩病,差异表达基因,miRNA,Crohn,disease,CD,新靶点,下载,基因芯片,O2,differentially,expressed,genes,DEGs,Venn,PPI,基因本体分析,细胞迁移,脂多糖,外体,外空,细胞外基质,CXCR,趋化因子受体,基质结构,通路分析,类风湿性关节炎,阿米巴病,百日咳,肿瘤坏死因子信号通路,Cytoscape,hub,CXCL1,IL1B,TIMP1,CXCL8,IL6,MMP1,SERPINE1,PTGS2,SPP1,MMP2,可推断,hsa,mir,3p,5p,146a,microRNA,富集分析,基因筛选,致病机制,治疗靶点,GEO
AB值：
0.363543
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