典型文献
基于生物信息学的结直肠腺癌miRNA预后模型的建立
文献摘要：
目的 通过生物信息学分析构建结直肠腺癌的miRNA预后模型.方法 通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)获取结直肠腺癌患者的miRNA表达谱与相应的临床数据,通过差异分析明确肿瘤组与正常对照组之间差异表达的miRNA.随后,将具有生存状态和生存时间的患者(n=484)随机分为训练集(n=244)和测试集(n=240),对训练集的差异miRNAs和患者的总生存期进行单因素和多因素Cox分析来构建预后模型,并用Kaplan-Meier法与受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic,ROC)在训练集与合并数据集中验证模型的效能.此外,用单因素和多因素Cox分析验证miRNA模型是否为结直肠腺癌患者的独立预后因素.为了明确miRNAs的生物学功能,对miRNAs的靶基因进行了KEGG、GO富集分析.结果 我们从TCGA数据库中获得了肿瘤组织与正常组织之间520个差异表达的miRNAs,在训练集中通过单基因与多因素Cox分析筛选出7个miRNA(hsa-miR-891a-5p、hsa-miR-664b-3p、hsa-miR-485-5p、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-3615、hsa-miR-21-3p和hsa-miR-3677-3p)用以构建模型,并将患者分为高风险组与低风险组,Kaplan-Meier分析结果提示高风险组患者的总生存期明显低于低风险组患者.训练集、测试集与合并数据集的ROC表明该模型预测5年生存期的曲线下面积(area under the curve,AUC)分别是0.722、0.747和0.735,提示该模型有较好的预测能力.此外,多因素Cox分析提示该模型是患者的独立风险因素.基因富集分析结果提示miRNAs相关的靶基因与Hippo信号通路、cGMP-PKG信号通路、细胞生长等通路密切相关.结论 本研究建立了一个miRNA预后模型能够有效地预测结直肠腺癌患者的总生存时间,并为研究miRNA在结直肠腺癌发生发展的作用提供了新的方向.
文献关键词：
miRNA;结直肠腺癌;预后;模型;TCGA
中图分类号：
作者姓名：
赵栋燕;尹腾飞;姚树坤
作者机构：
中国医学科学院北京协和医学院,北京 100029;中日友好医院消化内科;北京大学医学部
文献出处：
引用格式：
[1]赵栋燕;尹腾飞;姚树坤-.基于生物信息学的结直肠腺癌miRNA预后模型的建立)[J].胃肠病学和肝病学杂志,2022(01):46-55
A类：
664b
B类：
结直肠腺癌,预后模型,生物信息学分析,癌症基因组图谱,Cancer,Genome,Atlas,TCGA,表达谱,临床数据,正常对照,差异表达,生存状态,训练集,测试集,miRNAs,总生存期,Cox,Kaplan,Meier,受试者工作特征曲线,receiver,operating,characteristic,验证模型,分析验证,独立预后因素,生物学功能,靶基因,肿瘤组织,正常组织,单基因,hsa,891a,5p,3p,构建模型,高风险组,低风险组,area,under,curve,预测能力,独立风险因素,基因富集分析,Hippo,cGMP,PKG,细胞生长,总生存时间
AB值：
0.254337
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