典型文献
通过生物信息学分析发现胃癌的靶点基因和生物学特性
文献摘要：
目的:从公共数据库获取数据，筛选差异表达基因，旨在发现胃癌潜在的靶点基因并揭示其生物学特征。方法:基因表达谱（GSE29272、GSE54129、GSE13911、GSE79973、GSE19826）从GEO数据库获得；差异表达基因通过GEO2R筛选出，韦恩图绘制出5个基因表达谱的交集，从而得出共同差异表达基因；使用DAVID数据库进行共同差异表达基因的KEGG通路分析和GO富集分析；共同差异表达基因通过STRING数据库获取其蛋白质-蛋白质互作（PPI）网络图并用Cytoscape软件进行可视化，同时通过Cytoscape软件中的插件CytoHubba筛选胃癌靶点基因；靶点基因在GEPIA数据库和UALCAN数据库中进一步验证其表达及生存分析；CMap数据库预测其潜在的靶向小分子化合物。结果:韦恩图筛选出105个共同差异表达基因，其中包括57个下调基因和48个上调基因；经DAVID数据库中的KEGG通路分析和GO富集分析显示，这些上调基因主要与细胞外基质组织、细胞黏附、局灶性黏附、PI3K-Akt信号传导途径、细胞外基质-受体相互作用相关。通过Cytoscape软件筛选出8个靶点基因：BGN、SPARC、COL5A2、COL5A1、COL1A2、COL4A1、COL6A3和COL11A1；在GEPIA数据库和UALCAN数据库验证后，确认了这8个关键基因与胃癌发生发展有关。生存分析显示，COL4A1（P=0.029，HR=1.4）和COL5A2（P=0.009 5，HR=1.5）的高表达与生存能力降低有关。CMap数据库分析显示吡咯酰胺和芳香维甲酸最有可能逆转胃癌的状态。结论:BGN、SPARC、COL5A2、COL5A1、COL1A2、COL4A1、COL6A3和COL11A1可能被用作改善胃癌诊断和免疫疗法生物标志物的潜在靶标，吡咯酰胺和芳香维甲酸最有可能成为治疗胃癌的小分子化合物，这些分析结果为胃癌的病因研究提供了新的方向，也为深入探究其发病机制提供了理论基础。
文献关键词：
生物信息学;胃肿瘤;生物标志物;靶点基因
中图分类号：
作者姓名：
丁相元;严思奇;柳俊杰;颜伟
作者机构：
434023 荆州市第一人民医院肿瘤外科;434023 荆州市第一人民医院放射科
文献出处：
引用格式：
[1]丁相元;严思奇;柳俊杰;颜伟-.通过生物信息学分析发现胃癌的靶点基因和生物学特性)[J].中华普通外科学文献（电子版）,2022(01):20-26
A类：
GSE29272,GSE13911,GSE19826
B类：
生物信息学分析,胃癌,靶点基因,生物学特性,公共数据库,获取数据,差异表达基因,生物学特征,基因表达谱,GSE54129,GSE79973,GEO2R,韦恩图,图绘,交集,DAVID,通路分析,富集分析,STRING,PPI,网络图,Cytoscape,插件,CytoHubba,GEPIA,UALCAN,生存分析,CMap,小分子化合物,细胞外基质,细胞黏附,局灶性,PI3K,Akt,信号传导,传导途径,BGN,SPARC,COL5A2,COL5A1,COL1A2,COL4A1,COL6A3,COL11A1,关键基因,生存能力,数据库分析,吡咯,芳香,维甲酸,免疫疗法,生物标志物,靶标,病因研究,胃肿瘤
AB值：
0.319002
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