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典型文献
经肝动脉化疗栓塞治疗肝细胞癌患者疗效的生物信息学分析
文献摘要:
目的:通过生物信息学寻找经肝动脉化疗栓塞(TACE)治疗肝细胞癌患者疗效的差异基因(DEGs)并深入分析其功能。方法:从基因表达数据库(GEO)中下载微阵列数据集GSE104580;利用在线工具GEO2R筛选DEGs;运用R语言"ClusterProfiler"数据包对筛选得到的TACE疗效的DEGs进行GO功能和KEGG通路富集分析;使用STRING数据库构建关键差异基因的蛋白质互作网络,应用Cytoscape软件筛选出TACE疗效差异的关键DEGs。利用UALCAN和GEPIA数据库分别对TACE疗效差异关键DEGs的表达和生存进行分析,使用Log-rank检验方法。结果:439个基因在TACE治疗肝细胞癌中表达有明显差异,其中上调基因228个,下调基因217个;差异基因的富集及其通路主要包括白细胞介素17 (IL-17)信号通路、肿瘤转录失调和视黄醇代谢等生物过程;Cytoscape共筛选出10个TACE疗效差异的关键DEGs。最后通过多数据库综合分析发现,筛选出的10个TACE疗效差异的关键DEGs均与肝细胞癌患者预后密切相关。高表达组CDK1、TOP2A、CDC20、BUB1、KIF2C、DLGAP5、CENPF、TPX2、BIRC5和TTK肝癌患者总体生存率均显著低于低表达组患者,其结果具有统计学意义( P<0.05)。 结论:筛选出的10个基因对TACE治疗肝细胞癌患者的耐药分子机制以及进行个体化精准治疗提供依据。
文献关键词:
肝细胞癌;经肝动脉化疗栓塞;生物信息学
作者姓名:
苏洋;丁佑铭;陈辰;周瑜;杨大帅
作者机构:
武汉大学人民医院肝胆外科 430060
引用格式:
[1]苏洋;丁佑铭;陈辰;周瑜;杨大帅-.经肝动脉化疗栓塞治疗肝细胞癌患者疗效的生物信息学分析)[J].中华实验外科杂志,2022(05):932-934
A类:
GSE104580
B类:
经肝动脉化疗栓塞,栓塞治疗,肝细胞癌,生物信息学分析,TACE,DEGs,基因表达数据库,下载,微阵列数据,GEO2R,ClusterProfiler,数据包,选得,通路富集分析,STRING,数据库构建,关键差异基因,蛋白质互作网络,Cytoscape,疗效差异,UALCAN,GEPIA,Log,rank,检验方法,转录失调,视黄醇,生物过程,CDK1,TOP2A,CDC20,BUB1,KIF2C,DLGAP5,CENPF,TPX2,BIRC5,TTK,肝癌患者,总体生存率,低表达,精准治疗
AB值:
0.316459
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