典型文献
帕金森病和抑郁症患者脑组织Brodman9区域共同差异基因的生物信息学分析
文献摘要：
目的:比较分析帕金森病(Parkinson Disease,PD)和抑郁症(Major depression disease,MDD)在脑组织Brodman9(BA9)区域共同的差异基因(Differential genes,DEGs)、共同通路和关键基因,为PD和MDD共同发病机制研究提供参考.方法:下载GEO数据库中GSE20168、GSE54567、GSE54568和GSE54570芯片数据,使用R语言调取limma,clusterProfiler,ggplot2等生信分析包,以P<0.05并log-FC绝对值≥0.3作为标准,分析PD和MDD共表达差异基因,进一步通过GO和KEGG富集分析共同通路,并利用String数据库及cytoscape软件进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和关键基因鉴定.结果:PD和MDD患者BA9区域存在34个共同的DEGs,上调21个,分别为:SLC35E1、ATP8B1、TSR1、ZNF721、RIOK3、FBXW12、ZNF160、POLR1B、CACNA1I、MZT2B、PGF、RP11-403P17.4、RPL23AP32、DBT、PRR11、USP34、LRRFIP1、DSERG1、DIP2A、AEBP1和DNAJB2基因,下调13个,分别为NPTX2、PCSK1、SST、PPP1CB、SEC22B、ENPP4、NME5、CAPZA2、GLRB、ITFG1、GLIPR1、TM6SF1和DUSP6基因;DEGs功能富集分析显示PD与MDD有5个共同的GO BP富集条目,分别是:GO:0007611(学习与记忆)、GO:0050890(认知)、GO:0007612(学习)、GO:0051384(对糖皮质激素的反应)、GO:0008306(联想学习)条目,提示PD和MDD均存在认知、学习、记忆及糖皮质激素反应通路功能障碍(P<0.05);PPI网络作图及关键基因分析提示NPTX2、PCSK1、DUSP6、SST、PPP1CB基因可能是PD和MDD共同的关键基因,在PD和MDD表达均显著降低(P<0.05).结论:前额叶BA9区域认知通路功能障碍及NPTX2等基因表达减少可能是P D和MDD共同的分子病理.
文献关键词：
帕金森病;抑郁症;生物信息学;基因
中图分类号：
作者姓名：
白雪;赵淑敏;陈冉冉;张晶晶
作者机构：
内蒙古自治区赤峰市医院神经内科,内蒙古 赤峰 024000
文献出处：
引用格式：
[1]白雪;赵淑敏;陈冉冉;张晶晶-.帕金森病和抑郁症患者脑组织Brodman9区域共同差异基因的生物信息学分析)[J].河北医学,2022(12):1985-1990
A类：
Brodman9,GSE20168,GSE54567,GSE54568,GSE54570,SLC35E1,TSR1,ZNF721,RIOK3,FBXW12,ZNF160,POLR1B,CACNA1I,MZT2B,403P17,RPL23AP32,USP34,LRRFIP1,DSERG1,DIP2A,PCSK1,SEC22B,ENPP4,NME5,CAPZA2,GLRB,ITFG1,GLIPR1,TM6SF1,DUSP6
B类：
帕金森病,抑郁症患者,脑组织,生物信息学分析,Parkinson,Disease,Major,depression,disease,MDD,BA9,Differential,genes,DEGs,共同发病机制,下载,GEO,调取,limma,clusterProfiler,ggplot2,生信分析,log,FC,共表达差异基因,String,cytoscape,蛋白相互作用,PPI,关键基因鉴定,ATP8B1,PGF,RP11,DBT,PRR11,AEBP1,DNAJB2,NPTX2,SST,PPP1CB,功能富集分析,集条,条目,学习与记忆,糖皮质激素,联想学习,忆及,作图,基因分析,前额叶,区域认知,分子病理
AB值：
0.286628
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