典型文献
谷子光敏色素家族基因的生物信息学及表达模式分析
文献摘要：
光敏色素(PHY)是植物体重要的光感受器,在光形态建成中发挥重要作用.为挖掘新型模式植物谷子的光敏色素基因,通过BLAST从xiaomi基因组中共鉴定出4个SiPHYs,命名为SiPHY-1、SiPHY-2、SiPHY-3、SiPHY-4.利用生物信息学方法对SiPHYs的基因结构、理化性质、系统进化、启动子顺式作用元件和不同时期不同组织的表达谱进行分析,并采用RT-qPCR分析6个品种(系)在不同光周期下SiPHYs差异表达.结果表明,4个SiPHYs分布在8号和9号染色体上,除SiPHY-2外其余3个成员均为酸性亲水性蛋白;系统进化显示,SiPHY-1和SiPHY-2为PHYA亚族,SiPHY-3为PHYB亚族,SiPHY-4为PHYC亚族,且SiPHYs与狗尾草SvPHYs、玉米Zm-PHYs、高粱SbPHYs的亲缘关系近,与拟南芥AtPHYs亲缘关系较远;SiPHYs的顺式作用元件中光响应元件占比最多.表达谱分析结果显示,SiPHY-1可能与谷子的种子萌发有关,SiPHY-3可能与谷子形态建成有关,SiPHY-4可以调控谷子的抽穗开花期;进一步对6个品种(系)不同光周期下的差异表达显示,SiPHY-1在晋谷21和大同红谷中差异显著,SiPHY-3在大同红谷中差异显著,SiPHY-4在晋谷21、xiaomi、黄粟和xiaomi4中差异显著,而Si-PHY-2在不同光周期和不同材料中表达量均很低或不表达,说明SiPHY表达量受光周期和基因型的影响.
文献关键词：
谷子;光敏色素;生物信息学方法;光周期;基因表达
中图分类号：
作者姓名：
申慧敏;吴年隆;王亚敏;王兴春
作者机构：
山西农业大学生命科学学院,山西太谷030801;山西农业大学基础部,山西太谷030801
文献出处：
引用格式：
[1]申慧敏;吴年隆;王亚敏;王兴春-.谷子光敏色素家族基因的生物信息学及表达模式分析)[J].山西农业科学,2022(01):1-8
A类：
xiaomi,SiPHYs,SiPHY,SvPHYs,PHYs,SbPHYs,AtPHYs,xiaomi4
B类：
谷子,家族基因,表达模式分析,植物体,光感受器,光形态建成,新型模式,光敏色素基因,BLAST,利用生物,生物信息学方法,基因结构,系统进化,启动子,顺式作用元件,不同组织,qPCR,光周期,差异表达,亲水性,PHYA,PHYB,PHYC,狗尾草,Zm,高粱,亲缘关系,拟南芥,较远,光响应,响应元,表达谱分析,种子萌发,发有,抽穗开花期,大同,红谷,不同材料,基因型
AB值：
0.231757
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