典型文献
生菜LsPHYB可变剪接体的克隆与高温诱导表达模式
文献摘要：
[目的]光敏色素B(phytochrome,PHYB)是光和温度的受体.通过克隆光敏色素B基因(PHYB)可变剪接体并分析其在高温诱导下的表达模式,探究LsPHYB可变剪接体在生菜响应环境高温中的生物学功能,为培育耐热性生菜提供理论依据.[方法]采用生物信息学方法在生菜的基因组数据库搜索获得LsPHYB的cDNA序列的相关信息;对克隆得到的3个可变剪接体LsPHYB1、LsPHYB2和LsPHYB3进行多序列比对、可变剪接方式分析及系统进化树分析;通过在线软件预测PHYB1、PHYB2和PHYB3蛋白分子量、等电点和亲水性、疏水性等蛋白质理化性质,并通过生物信息学软件预测三者的二级结构、三级结构和保守结构域;采用荧光定量PCR(qRT-PCR)检测PHYB1、PHYB2和PHYB3在高温处理后的表达特征.[结果]克隆获得的生菜LsPHYB的3个可变剪接体LsPHYB1、LsPHYB2和LsPHYB3的CDS长度分别为3 509、3 877和2 690 bp,编码氨基酸长度分别为1 094、960和853 aa.其中LsPHYB1发生可变3'端位点和外显子跳跃类型可变剪接,LsPHYB2 发生选择性保留polyA尾和内含子保留型可变剪接,LsPHYB3发生外显子跳跃类型可变剪接.保守结构域分析表明PHYB2的N端缺少PAS和PHY功能域;PHYB3的N端缺少PAS和PHY功能域,C端缺少HisKA功能域;系统进化树分析表明,3个可变剪接体聚为一支.qRT-PCR分析表明在高温处理第1天,LsPHYB3的表达量最高;在高温处理第5-9天,LsPHYB2的表达量高于LsPHYB1和LsPHYB3;在高温处理第11天,LsPHYB1的表达量高于LsPHYB2和LsPHYB3,处理11 d内三者表达量达到峰值的时间不同.[结论]高温下生菜LsPHYB的转录本存在3个可变剪接体LSPHYB1、LsPHYB2和LsPHYB3.LsPHiYB3在高温处理前期高表达,LsPHYB2,LsPHYB1分别在高温处理中期、后期高表达,推测生菜3个LsPHYB可变剪接体在抗高温胁迫中发挥不同的作用.
文献关键词：
生菜;LsPHYR可变剪接体;高温胁迫;响应
中图分类号：
作者姓名：
隋心意;赵小刚;陈鹏宇;李亚灵;温祥珍
作者机构：
山西农业大学园艺学院,山西晋中030801
文献出处：
引用格式：
[1]隋心意;赵小刚;陈鹏宇;李亚灵;温祥珍-.生菜LsPHYB可变剪接体的克隆与高温诱导表达模式)[J].中国农业科学,2022(09):1822-1830
A类：
LsPHYB,LsPHYB1,LsPHYB2,LsPHYB3,PHYB1,PHYB2,PHYB3,HisKA,LSPHYB1,LsPHiYB3,LsPHYR
B类：
生菜,可变剪接体,高温诱导,诱导表达模式,光敏色素,phytochrome,生物学功能,耐热性,生物信息学方法,基因组数据,cDNA,多序列比对,方式分析,系统进化树分析,软件预测,分子量,等电点,和亲,亲水性,疏水性,生物信息学软件,二级结构,三级结构,保守结构域,qRT,高温处理,表达特征,CDS,bp,aa,外显子跳跃,polyA,内含子保留,PAS,功能域,转录本,抗高温,高温胁迫
AB值：
0.147518
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
