典型文献
基于TCGA和ICGC构建和验证肝细胞癌肿瘤微环境相关基因的预后风险模型
文献摘要：
目的 探讨肿瘤微环境(TME)相关基因与肝细胞癌(HCC)预后的相关性,构建和验证HCC患者预后风险评估模型,寻找HCC预后相关的潜在生物标志物.方法 收集来自癌症基因图谱(TCGA)和国际肿瘤基因组协作组(ICGC,LIRI-JP)中HCC患者的转录组表达矩阵.对4,061个TME相关基因行Cox回归、Lasso回归等筛选TME相关关键基因并构建风险预测模型(TMEScore),在多个数据集中检验其预测性能.结果 非负矩阵分解结果揭示HCC可以分成两个分子亚群.通过Lasso回归,两个关键的TME预后基因(CDCA8和CBX2)被过滤和筛选.基于这两个基因构建的风险模型能良好区分训练集、测试集、整个TCGA集和ICGC数据集中的患者预后.该TMEScore在亚组分析中也展现较好的预后价值.整合临床参数和TMEScore的列线图对预测患者的预后展现出良好的拟合性.TMEScore与免疫检查点、DNA复制、错配修复和上皮-间质转化相关基因呈正相关,且TMEScore与免疫细胞水平也明显相关.结论 基于CDCA8和CBX2建立的TMEScore可以作为HCC的独立预后指标,且这两个基因可能是HCC治疗的潜在靶点.
文献关键词：
肝细胞癌;肿瘤微环境;预后;癌症基因图谱;国际肿瘤基因组协作组
中图分类号：
作者姓名：
李绍智;梁维仁;郭金友;郑家平
作者机构：
317605 浙江省玉环市第二人民医院;310022 中国科学院大学附属肿瘤医院(浙江省肿瘤医院)
文献出处：
引用格式：
[1]李绍智;梁维仁;郭金友;郑家平-.基于TCGA和ICGC构建和验证肝细胞癌肿瘤微环境相关基因的预后风险模型)[J].浙江临床医学,2022(11):1585-1589
A类：
TMEScore,CBX2
B类：
TCGA,ICGC,肝细胞癌,癌肿,肿瘤微环境,预后风险模型,HCC,风险评估模型,潜在生物标志物,癌症基因图谱,国际肿瘤基因组协作组,LIRI,JP,转录组,Cox,Lasso,关键基因,风险预测模型,预测性能,非负矩阵分解,解结,亚群,预后基因,CDCA8,训练集,测试集,亚组分析,预后价值,临床参数,列线图,免疫检查点,错配修复,间质转化,免疫细胞水平,预后指标,潜在靶点
AB值：
0.261132
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