典型文献
基于TCGA数据库构建和评估口腔癌的免疫相关预后模型
文献摘要：
目的 构建和评估口腔癌免疫相关的预后模型,探索口腔癌肿瘤免疫微环境的分子特性.方法 基于TCGA数据库中HNSC队列的mRNA表达数据、临床信息和ImmPort数据库中的免疫相关基因列表,利用R包limma分析得到免疫相关的差异表达基因列表,通过单因子回归和多因子回归分析构建口腔癌的免疫相关预后模型,并进一步结合临床特征构建列线图模型,综合评估预后模型的性能.结果 共得到1533个差异表达基因,其中73个基因与免疫相关,通过单因子回归和多因子回归分析得到6个免疫相关的差异基因与预后相关;构建的预后模型ROC曲线下的面积在3年时为0.678,4年时为0.671,5年时为0.683;构建的列线图模型的C-index从0.63增加至0.67,基于建立的预后风险模型,高风险评分组的预后差于低风险评分组,差异有统计学意义(P＜0.05);预后风险评分与N分期相关(P＜0.05),与病理分期和T分期无关(P＞0.05);高风险评分组的基因MUC16突变率偏高,而NOTCH1则相反(P＜0.05),且高风险评分组的免疫治疗相关靶基因的表达水平偏低(P＜0.05);较高的TMB与较差的预后相关(P＜0.05).结论 本次构建的预后模型和对肿瘤免疫微环境的分子特性的探索可能有助于口腔癌患者的预后风险预测和免疫治疗.
文献关键词：
口腔癌;预后模型;肿瘤微环境;TCGA数据库;免疫治疗
中图分类号：
作者姓名：
巴颖;张核子;余晨笛;卢晓萍;操利超
作者机构：
深圳市核子基因科技有限公司,广东 深圳 518071
文献出处：
引用格式：
[1]巴颖;张核子;余晨笛;卢晓萍;操利超-.基于TCGA数据库构建和评估口腔癌的免疫相关预后模型)[J].医学信息,2022(06):14-20
A类：
B类：
TCGA,数据库构建,预后模型,癌肿,肿瘤免疫微环境,分子特性,HNSC,临床信息,ImmPort,免疫相关基因,列表,limma,差异表达基因,单因子,多因子,结合临床,特征构建,列线图模型,评估预后,差异基因,预后风险模型,风险评分,低风险,病理分期,MUC16,突变率,NOTCH1,免疫治疗,靶基因,TMB,口腔癌患者,风险预测,肿瘤微环境
AB值：
0.276634
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