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基于GEO数据的缺血缺氧性脑损伤基因表达差异分析
文献摘要：
目的 基于基因表达数据库(GEO)分析缺血缺氧性脑损伤的基因表达差异,探讨差异表达基因调控的功能通路.方法 将2021年4月作为时间截点,基于GEO筛选缺血缺氧性脑损伤相关基因表达谱数据,选择"Ischemic hypoxic brain damage"作为筛选条件,"human"为物种类型.使用GEO在线分析工具(GEO2R)对缺血缺氧性脑损伤差异表达基因进行分析,并对通路富集情况做京都基因和基因组百科全书(KEGG),使用蛋白质相互作用关系网络(PPI)找出关键基因及蛋白靶标,分析差异基因表达情况.结果 鉴定得到251个差异表达基因;KEGG分析显示,有10条差异有显著性的富集信号通路(P<0.05),主要与细胞周期、蛋白酶体、核糖体、脱氧核糖核酸复制、泛素介导的蛋白水解等相关;根据GO功能分析得到显著富集条目30个,其中与生物过程、细胞组分、分子功能相关分别为10个;STRING分析显示,在缺血缺氧性脑损伤PPI网络中,提取包含142种基因的核心网络,其中排名前10的分别是细胞周期蛋白D1(Ccnd1)、70 kDa热休克蛋白(HSPA)1B、肉瘤病毒癌基因同源物(JUN)、信号转导子和转录激活子3(STAT3)、转录激活因子3(ATF3)、转录激活因子4(ATF4)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、HSPA5、髓细胞增生蛋白(MYC)、热休克转录因子1(HSF1).结论 Ccnd1、HSPA1B、JUN、STAT3、ATF3、ATF4、VEGFA、HSPA5、MYC、HSF1为缺血缺氧性脑损伤主要影响基因,可能通过细胞周期、蛋白酶体、泛素介导的蛋白水解等途径影响缺血缺氧性脑损伤的发生发展.
文献关键词：
缺血缺氧性脑损伤;GEO数据库;差异基因表达;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
毕思童;李丽华
作者机构：
首都医科大学附属北京潞河医院,北京 101100
文献出处：
引用格式：
[1]毕思童;李丽华-.基于GEO数据的缺血缺氧性脑损伤基因表达差异分析)[J].中国临床神经科学,2022(04):385-391
A类：
HSPA,HSPA1B
B类：
缺血缺氧性脑损伤,基因表达差异,基因表达数据库,差异表达基因,基因调控,相关基因表达,基因表达谱,谱数据,Ischemic,hypoxic,brain,damage,human,在线分析工具,GEO2R,通路富集,京都基因和基因组百科全书,蛋白质相互作用,相互作用关系,关系网络,PPI,关键基因,蛋白靶标,差异基因表达,蛋白酶体,核糖体,脱氧核糖核酸,泛素,蛋白水解,功能分析,集条,条目,生物过程,STRING,核心网络,中排,细胞周期蛋白,D1,Ccnd1,kDa,热休克蛋白,肉瘤,癌基因,JUN,信号转导子和转录激活子,STAT3,转录激活因子,ATF3,ATF4,血管内皮生长因子,VEGFA,HSPA5,细胞增生,生蛋,MYC,热休克转录因子,HSF1,过细
AB值：
0.268516
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