典型文献
影响胶质母细胞瘤生物学行为的靶基因预测
文献摘要：
目的:探索胶质母细胞瘤(GBM)发生发展过程中发生差异表达的基因并初步探讨其功能及作用，以明确影响GBM生物学行为的靶基因。方法:应用GEO2R在线分析从基因表达综合数据库(GEO)中获取的GSE70231数据集的原始基因表达谱，从而得到差异表达基因；应用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；应用STRING数据库构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络，然后应用Cytoscape中的插件cytoHubba和MCODE分析PPI网络，从而获取靶基因；应用基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库中样本数据的GEPIA在线分析靶基因在GBM组织中的表达情况及其对患者总生存期的影响，最后应用人体组织的RNA-seq数据集GSE50021验证筛选出来的靶基因。结果:共筛选出520个GBM组织与正常脑组织间的差异表达基因，包含305个上调基因和215个下调基因。GO功能富集分析显示，差异表达基因的生物学过程主要富集在信号转导、细胞粘附、细胞增殖的正调控等方面，细胞学组分主要为细胞外外泌体、细胞质、细胞质膜等，分子功能显著富集在蛋白质结合率方面。KEGG通路富集分析显示，差异表达基因主要富集于丝裂原活化蛋白激酶信号通路、癌症中的蛋白多糖信号通路、催产素信号通路、钙信号通路。应用插件cytoHubba和MCODE从差异表达基因的PPI网络中共获取到17个靶基因，靶基因功能分析及临床样本验证显示8个基因(
VCAM1、
SPP1、
ITGB1、
CTGF、
VIM、
ITGAV、
COL1A1、
BCL2A1)为影响GBM生物学行为的靶基因，其中
BCL2A1、
COL1A1、
ITGAV这3个靶基因与GBM的关系报道尚少，GSE50021数据集验证显示这3个靶基因在GBM组织中的表达明显高于正常脑组织，差异均有统计学意义(
P<0.05)。
结论:本研究分析得出的8个靶基因尤其是
BCL2A1、
COL1A1、
ITGAV可能是未来探寻GBM发病机制及其诊断治疗的重要研究靶点。
文献关键词：
胶质母细胞瘤;差异表达基因;靶基因;生物信息学;生物学行为
中图分类号：
作者姓名：
王硕;陈政;谢园园;谭国伟
作者机构：
厦门大学附属第一医院神经外科，厦门 361000;厦门脑科中心重点实验室，厦门 361000
文献出处：
引用格式：
[1]王硕;陈政;谢园园;谭国伟-.影响胶质母细胞瘤生物学行为的靶基因预测)[J].中华神经医学杂志,2022(12):1203-1208
A类：
GSE70231,GSE50021
B类：
胶质母细胞瘤,生物学行为,靶基因预测,GBM,GEO2R,在线分析,基因表达综合数据库,始基,基因表达谱,差异表达基因,DAVID,基因本体,京都基因与基因组百科全书,通路富集分析,STRING,数据库构建,蛋白质相互作用,PPI,Cytoscape,cytoHubba,MCODE,癌症基因组图谱,TCGA,GEPIA,总生存期,seq,脑组织,功能富集分析,生物学过程,信号转导,细胞粘附,正调控,细胞学,外泌体,细胞质,质膜,蛋白质结合,丝裂原活化蛋白激酶信号通路,糖信号,催产素,钙信号通路,应用插件,共获,取到,基因功能分析,临床样本,VCAM1,SPP1,ITGB1,CTGF,VIM,ITGAV,COL1A1,BCL2A1,数据集验证,诊断治疗
AB值：
0.29171
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
