目的 利用生物信息学技术筛选与肝癌复发相关的核心基因及信号通路,为探索肝癌复发的分子机制提供理论依据.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达汇编(GEO)数据库下载肝癌相关数据集,利用edgeR算法筛选差异表达基因.对差异表达基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建确定肝癌复发相关核心基因.选择核心基因后,应用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)-logistic回归分析构建肝癌复发预测模型.应用单样本基因集富集分析(ssGSEA)、使用表达数据估计恶性肿瘤组织中的基质细胞和免疫细胞(ESTIMATE)及微环境细胞种群计数器(MCP)方法评估免疫浸润细胞.结果 共筛选出343个肝癌复发相关差异表达基因.GO及KEGG富集分析结果表明,差异表达基因主要富集于前脑发育、化学突触传递的调节等生物过程及神经激活配体-受体相互作用等信号通路.PPI分析筛选出12个核心基因.通过对12个核心基因进行LASSO-logistic回归分析,确定的独立风险评分模型为风险评分=22.1-生长抑素(SST)表达值×0.21-多巴胺D2受体(DRD2)表达值×1.94-钙结合蛋白2(CALB2)表达值×1.153.该风险评分模型显示出较好的预测能力,AUC值为0.683.CALB2在肿瘤组织中低表达,与复发性肝癌患者肿瘤微环境中的免疫细胞浸润呈正相关.结论 肝癌复发风险评分模型可以提供较好的复发预测能力,其中的核心基因CALB2可以在肝癌复发中发挥关键作用.

肝肿瘤;复发;核心基因;预测模型;癌症基因组图谱;基因表达汇编

葛继芸;姚晨;张菁;王礼玲;解方园;鲍蕾蕾;黄玉凤

海军军医大学(第二军医大学)第三附属医院药材科,上海 200438

海军军医大学学报

[1]葛继芸;姚晨;张菁;王礼玲;解方园;鲍蕾蕾;黄玉凤-.CALB2介导的肿瘤微环境免疫细胞浸润在肝癌复发中的作用机制分析)[J].海军军医大学学报,2022(07):744-751

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