典型文献
基于生物信息学分析筛选强直性脊柱炎的关键诊断标志物
文献摘要：
目的 通过生物信息学策略探索强直性脊柱炎(AS)相关的差异基因,寻找疾病的新型诊断标志物.方法 通过美国国立生物技术信息中心的基因表达汇编(GEO)数据库下载AS相关的芯片数据,分析筛选出AS患者和健康人外周血之间的差异表达基因,利用注视、可视化和集成发现数据库(DAVID)对差异表达基因进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,然后利用在线数据库String构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.1软件筛选PPI网络中显著的蛋白质模块获取关键基因.计算ROC曲线的AUC值,评估关键基因对AS的诊断效能.结果 共筛选出187个差异表达基因,其中包含96个上调基因和91个下调基因.GO功能分析结果显示差异表达基因参与的生物学过程主要为核糖核苷一磷酸代谢过程、核苷一磷酸代谢过程和嘌呤核糖核苷一磷酸代谢过程等,KEGG信号通路分析结果显示差异表达基因参与的主要信号通路富集于非酒精性脂肪肝、亨廷顿病和氧化磷酸化等.基于PPI网络分析结果筛选出5个关键基因:ATP合成酶H+转运线粒体F0复合体亚基F6(ATP5J)、NADH:泛醌氧化还原酶亚基B3(NDUFB3)、泛醇-细胞色素c还原酶结合蛋白(UQCRB)、细胞色素c氧化酶亚基7A2(COX7A2)、泛醇-细胞色素c还原酶铰链蛋白(UQCRH).它们对AS的诊断效能显著,AUC值分别为0.859、0.852、0.840、0.820、0.805.结论 ATP5J、NDUFB3、UQCRB、COX7A2和UQCRH也许可作为外周血AS疾病相关的新型诊断标志物.
文献关键词：
强直性脊柱炎;基因表达汇编;生物信息学;差异表达基因;生物学标志物
中图分类号：
作者姓名：
王晨峰;卢旭华
作者机构：
海军军医大学(第二军医大学)第二附属医院骨科,上海200003
文献出处：
引用格式：
[1]王晨峰;卢旭华-.基于生物信息学分析筛选强直性脊柱炎的关键诊断标志物)[J].海军军医大学学报,2022(08):888-894
A类：
ATP5J,NDUFB3,UQCRB,7A2,COX7A2,UQCRH
B类：
生物信息学分析,强直性脊柱炎,诊断标志物,策略探索,AS,差异基因,立生,生物技术,信息中心,基因表达汇编,GEO,下载,健康人,人外周血,差异表达基因,注视,DAVID,基因本体,京都基因与基因组百科全书,通路分析,String,蛋白质相互作用,PPI,Cytoscape,关键基因,诊断效能,功能分析,生物学过程,核糖,酸代谢,代谢过程,嘌呤,信号通路富集,非酒精性脂肪肝,亨廷顿病,氧化磷酸化,合成酶,H+,F0,复合体,亚基,F6,NADH,泛醌,氧化还原酶,细胞色素,结合蛋白,铰链,也许,疾病相关,生物学标志物
AB值：
0.23561
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
