典型文献
基于PacBio测序数据的蜜蜂球囊菌SNP与InDel位点发掘及分析
文献摘要：
[目的]本研究拟利用已获得的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis菌丝的PacBio单分子实时(single molecule real-time,SMRT)测序数据对蜜蜂球囊菌的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)和插入缺失(insertion-deletion,InDel)突变位点进行发掘和分析,旨在丰富蜜蜂球囊菌的SNP和InDel位点信息,并为新型分子标记的开发和应用提供基础.[方法]采用SAMtools对蜜蜂球囊菌菌丝PacBio SMRT测序数据进行全长转录本识别,再利用ANNOVAR软件将识别的全长转录本与蜜蜂球囊菌参考基因组(assembly AAP 1.0)进行比对以检测和分析SNP位点和InDel位点.通过相关生物信息学软件将上述SNP位点和InDel位点基因分别比对GO和KEGG数据库进行功能和通路注释.[结果]在蜜蜂球囊菌菌丝中共鉴定到6 743个SNP位点,主要分布于外显子,包括6 091个纯合位点和652个杂合位点;其中发生转换和颠换的SNP位点分别有4 887和1 856个;SNP位点密码子突变类型中数量最多的是同义单核苷酸突变;SNP位点基因可注释到34个GO条目和76个KEGG通路.共鉴定到597个InDel位点,包括349个纯合位点和248个杂合位点,这些InDel位点在基因下游区分布的数量最多;InDel位点密码子突变类型中非移码插入最为丰富;InDel位点基因可在39个GO条目和87条KEGG通路.[结论]鉴定到蜜蜂球囊菌的大量SNP和InDel位点,明确了 SNP和InDel位点的突变类型、基因组功能元件分布和密码子突变类型,并揭示了 SNP和InDel位点与关键生物学过程的潜在关联.
文献关键词：
蜜蜂球囊菌;第三代测序技术;单分子实时测序;单核苷酸多态性;插入缺失
中图分类号：
作者姓名：
蔡宗兵;张文德;隆琦;余岢骏;孙明会;吴鹰;许雅静;刘佳美;郭意龙;徐细建;陈大福;郭睿
作者机构：
福建农林大学动物科学学院(蜂学学院),福州350002;江西省养蜂研究所,南昌330000;福建农林大学蜂疗研究所,福州350002
文献出处：
引用格式：
[1]蔡宗兵;张文德;隆琦;余岢骏;孙明会;吴鹰;许雅静;刘佳美;郭意龙;徐细建;陈大福;郭睿-.基于PacBio测序数据的蜜蜂球囊菌SNP与InDel位点发掘及分析)[J].昆虫学报,2022(02):187-196
A类：
蜜蜂球囊菌,SAMtools
B类：
PacBio,序数,SNP,InDel,Ascosphaera,apis,菌丝,single,molecule,real,SMRT,单核苷酸多态性,nucleotide,polymorphism,插入缺失,insertion,deletion,突变位点,位点信息,分子标记,全长,转录本,ANNOVAR,参考基因,assembly,AAP,生物信息学软件,外显子,杂合,密码子,同义,核苷酸突变,条目,移码,生物学过程,第三代测序技术,单分子实时测序
AB值：
0.23453
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