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1株致病性黄疸出血群钩端螺旋体病流行菌株与其同血清群疫苗株的比较基因组学分析
文献摘要：
目的 对1株致病性黄疸出血群钩端螺旋体(简称钩体)病流行菌株与其同血清群疫苗株进行比较基因组学分析.方法 应用高通量测序技术对黄疸出血群钩体流行株200502(简称流行株200502)进行全基因组序列测定,并与其同血清群疫苗株56601进行比较基因组学分析;选取GenBank中已公布的包括疫苗株56601在内的9株不同基因种的代表性钩体菌株构建系统发育进化树.结果 流行株200502全基因组序列全长为4 543 190 bp,含有编码基因3 580个,其中具有直系同源簇(clusters of orthologous groups,COG)功能2 192个.流行株200502与疫苗株56601基因组平均核苷酸一致性为99.2％,存在共有基因3 245个,流行株200502含有特有基因242个.以疫苗株56601为参考,在流行株200502中共鉴定出2 005个插入缺失(indel)和19 799个单核苷酸多态性(single nucleotide polymor-phism,SNP)位点,其中编码区有8 485个同义SNP位点、3 484个非同义SNP位点,涉及菌株的细胞运动、信号转导机制、防御机制等相关基因.流行株200502与L.interrogans、L.noguchii和L.kirschneri 3个基因种进化亲缘性较近.结论 获得了我国当前黄疸出血群流行株200502基因组的基本特征,确定了其与血清型疫苗株56601的差异,为钩体疫苗的改进提供了实验依据.
文献关键词：
黄疸出血群钩端螺旋体;流行菌株;疫苗菌株;全基因组序列;比较基因组学
中图分类号：
作者姓名：
李彬;石刚;杜宗利;辛晓芳;叶强;徐颖华
作者机构：
中国食品药品检定研究院国家卫生健康委员会生物技术产品检定方法及其标准化重点实验室,北京102629
文献出处：
引用格式：
[1]李彬;石刚;杜宗利;辛晓芳;叶强;徐颖华-.1株致病性黄疸出血群钩端螺旋体病流行菌株与其同血清群疫苗株的比较基因组学分析)[J].中国生物制品学杂志,2022(12):1432-1436
A类：
黄疸出血群钩端螺旋体,noguchii,kirschneri,疫苗菌株
B类：
致病性,流行菌株,血清群,疫苗株,比较基因组学分析,高通量测序技术,全基因组序列,序列测定,GenBank,基因种,建系,系统发育进化树,全长,bp,编码基因,直系,clusters,orthologous,groups,COG,平均核苷酸一致性,插入缺失,indel,单核苷酸多态性,single,nucleotide,polymor,phism,SNP,编码区,同义,非同,细胞运动,信号转导,防御机制,interrogans,亲缘性,血清型
AB值：
0.242668
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