典型文献
牦牛皱胃全长转录组测序分析
文献摘要：
[目的]获得牦牛(Bos grunniens)皱胃全长转录组数据库,深入挖掘牦牛皱胃功能基因.[方法]采用PacBio Sequel高通量测序系统,使用单分子实时(single molecular real time,SMRT)测序技术对成年牦牛皱胃全长转录组进行测序,对原始数据进行质控和去冗余分析,再比对参考基因组获取过滤后的非重复序列(Unigenes),使用多种生物信息软件对牦牛皱胃全长转录本数据进行功能注释、转录因子注释、编码区预测、简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)分析及可变剪接分析.[结果]通过测序共获得14 467 420条子序列,平均子序列长度为3 344.23 bp,质控得到循环一致性序列(CCS)有296 840条,全长非嵌合(FLNC)序列有277 402条,过滤和去冗余后对比参考基因组最终获得8 556条Unigenes.通过与NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、eggNOG、GO和Pfam数据库比对,对Unigenes进行注释,其中NR数据库注释了 8 544条Unigenes;Swiss-Prot数据库注释了 8 475条Unigenes;KEGG数据库注释了 1 721条Unigenes;KOG数据库注释了 6 572条Unigenes;eggNOG数据库注释了8 491条Unigenes;GO数据库注释了7 725条Unigenes;Pfam数据库注释了8 162条Unigenes.此外,经鉴定或预测,还获得了 943个转录因子、8 544个编码区片段、3 596个SSR位点和1 825个可变剪接事件.[结论]本研究获得了较为可靠的牦牛皱胃全长转录组数据,可为进一步研究牦牛皱胃生物学特性、相关代谢途径、信号通路及其分子机制提供数据支持.
文献关键词：
牦牛;皱胃;全长转录组;第3代测序;功能注释
中图分类号：
作者姓名：
谢书琼;马士龙;唐娇;刘益丽;江明锋
作者机构：
西南民族大学,青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部和四川省重点实验室,成都610041;西南民族大学青藏高原研究院,成都610041;西南民族大学畜牧兽医学院,成都610041
文献出处：
引用格式：
[1]谢书琼;马士龙;唐娇;刘益丽;江明锋-.牦牛皱胃全长转录组测序分析)[J].中国畜牧兽医,2022(05):1610-1620
A类：
B类：
皱胃,全长转录组测序,转录组测序分析,Bos,grunniens,转录组数据,胃功能,功能基因,PacBio,Sequel,单分子,子实,single,molecular,real,SMRT,成年牦牛,原始数据,质控,去冗,冗余分析,参考基因,Unigenes,生物信息软件,转录本,功能注释,编码区,简单重复序列,simple,sequence,repeats,SSR,可变剪接,共获,条子,子序列,bp,循环一致性,CCS,嵌合,FLNC,列有,NR,Swiss,Prot,KOG,eggNOG,Pfam,库比,生物学特性,代谢途径
AB值：
0.34051
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
