典型文献
杜仲miR172基因家族的生物信息学分析与功能预测
文献摘要：
为了解杜仲miR172家族成员的进化特征及其在杜仲生长发育过程中的作用.从杜仲小RNA高通量测序结果(登录号:SRP216820)及已发表文献中获取杜仲miR172家族前体和成熟体序列,进行序列比对、WebLogo保守性分析、系统发育树构建、前体茎环结构预测、启动子结构分析、靶基因预测及功能预测.结果表明,杜仲miR172家族共有8条前体和8条成熟体序列,且前体序列均能形成稳定的茎环结构;序列比对和WebLogo分析表明,除eu-miR172d-5p以外的其他7个成员的成熟体序列保守性较高,但前体序列的保守性均较低;进化分析表明,该家族成熟体进化高度保守,而前体的进化保守性较低;启动子分析表明,杜仲miR172家族启动子包含丰富的光反应原件及激素响应元件和胁迫响应元件,说明其可能调控杜仲的花器官形成和发育及逆境胁迫响应等过程;靶基因预测表明,杜仲miR172家族的靶基因数目较多,其靶基因参与杜仲的生长发育和逆境胁迫等过程,该小RNA家族成员主要调控AP2基因的表达.表明杜仲miR172家族成员在进化过程中既保守又有一定分化,其主要通过调控AP2基因的表达在杜仲生长发育过程中发挥重要调控作用.
文献关键词：
杜仲;miR172家族;进化特征;靶基因
中图分类号：
作者姓名：
叶靖;杨元玲;史庆秋;吴龙飞;宋国涛
作者机构：
石河子大学 农学院 林学系,新疆 石河子832003
文献出处：
引用格式：
[1]叶靖;杨元玲;史庆秋;吴龙飞;宋国涛-.杜仲miR172基因家族的生物信息学分析与功能预测)[J].浙江农业学报,2022(01):70-78
A类：
SRP216820,miR172d
B类：
杜仲,基因家族,生物信息学分析,功能预测,进化特征,登录号,表文,序列比对,WebLogo,保守性,系统发育树,茎环结构,结构预测,靶基因预测,eu,5p,进化分析,启动子分析,光反应,原件,激素响应,响应元,花器官,逆境胁迫响应,AP2
AB值：
0.223746
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