典型文献
谷子GRAS转录因子家族的全基因组鉴定、表达分析及标记开发
文献摘要：
为了鉴定谷子GRAS家族基因并揭示SiGRASs响应外源植物激素和逆境胁迫过程的表达规律,本研究采用生物信息学方法对谷子GRAS转录因子家族进行全基因组鉴定,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行4种激素和2种胁迫处理后的表达分析,并根据SiGRAS23序列差异开发分子标记.结果表明,谷子全基因组共包含52个GRAS转录因子基因,大部分编码亲水性蛋白;82.69％的基因编码酸性蛋白,长度为362～734 aa,分子量为39.81～100.09 kDa,等电点为4.85～9.53.系统发育分析将谷子GRAS家族划分为10个亚家族.组织表达量分析表明,各亚族基因具有明显的组织表达特异性,LISCL、DELLA和SHR亚族基因分别在叶、茎和根中有较高的表达量,PAT1和HAM亚族大部分基因为组成型表达,但在叶中的表达量最高.SiGRASs启动子区含有多种植物激素、逆境响应相关的顺式作用元件;qRT-PCR结果显示,SiGRASs在不同激素和非生物胁迫下的表达水平存在较大差异,其中PAT1亚族中Seita.2G369400对6种不同的处理响应最为敏感;少数SiGRASs基因在各组织和各种激素和非生物胁迫处理下,表达量均在极低水平.DELLA亚族中的SiGRAS23在遗传群体AJF5的双亲矮宁黄和晋谷21号间存在序列差异,据此开发的分子标记D8-1与该群体株高性状紧密连锁.本研究为解析谷子GRAS家族基因参与激素信号转导及逆境胁迫响应的功能研究奠定了基础,SiGRAS23的分子标记可用于今后谷子种质资源株高等位变异的筛选.
文献关键词：
谷子;GRAS;全基因组鉴定;表达分析;分子标记
中图分类号：
作者姓名：
王智兰;韩康妮;杜晓芬;李禹欣;连世超;王军
作者机构：
山西农业大学谷子研究所/杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室/杂粮种质创新与分子育种山西省重点实验室,山西 长治 046011
文献出处：
引用格式：
[1]王智兰;韩康妮;杜晓芬;李禹欣;连世超;王军-.谷子GRAS转录因子家族的全基因组鉴定、表达分析及标记开发)[J].核农学报,2022(09):1723-1737
A类：
SiGRASs,SiGRAS23,LISCL,PAT1,2G369400,AJF5
B类：
全基因组鉴定,表达分析,标记开发,家族基因,外源植物激素,表达规律,生物信息学方法,qRT,序列差异,分子标记,分编,亲水性,基因编码,aa,分子量,kDa,等电点,系统发育分析,亚家族,组织表达,表达量分析,达特,DELLA,SHR,HAM,组成型表达,启动子区,逆境响应,顺式作用元件,Seita,非生物胁迫处理,遗传群体,双亲,D8,株高,连锁,激素信号,信号转导,逆境胁迫响应,功能研究,于今,谷子种质,种质资源,等位变异
AB值：
0.274206
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