典型文献
多杀性巴氏杆菌脂多糖刺激羊支气管上皮细胞后的转录组测序与分析
文献摘要：
脂多糖(LPS)是多杀性巴氏杆菌(Pm)关键的毒力因子,在其致病机制中发挥重要作用.为了探究不同血清型Pm LPS对宿主细胞的致病机制,本实验将从D型和A型Pm中提取的LPS(D-LPS和A-LPS)分别以1 μg/mL刺激羊支气管上皮细胞6h后裂解各组细胞,采用Illumina HiSeq测序平台进行转录组测序,将测序数据处理后获得转录水平差异基因,利用GO和KEGG数据库对转录差异基因进行GO功能注释与KEGG富集分析,并利用RT-qPCR对转录组测序中的转录差异基因进行验证.结果显示:D-LPS组筛选出转录水平上调的基因62个,下调的基因24个,A-LPS组筛选出转录水平上调的基因27个,下调的基因29个,两组相同转录差异基因6个;转录差异基因的GO功能注释结果显示,D-LPS组中共显著富集到243个GO term,包括146个生物学过程(BP)、44个细胞组分(CC)、53个生物学功能(MF),且显著富集的生物学过程有ATP生物合成过程、NADH脱氢酶活性和RAGE受体结合等;A-LPS组中共显著富集到167个GO term,包括109个BP、19个CC、39个MF,且显著富集的生物学过程有IL-11受体结合、GTP酶活性、磷脂酶A2活性和尿嘧啶分解代谢过程等;KEGG富集分析结果显示,D-LPS组中的转录差异基因显著富集到氧化磷酸化、产热以及ECM-受体相互作用途径等通路,A-LPS组中的转录差异基因显著富集到Ras信号通路以及泛酸和辅酶A生物合成等通路.从上述两组中随机选取13个转录差异基因进行RT-qPCR验证,结果与测序结果基本一致.本研究首次分析了两种不同血清型Pm LPS刺激羊支气管上皮细胞后转录组测序数据的变化,结果表明两种Pm LPS均主要影响羊支气管上皮细胞免疫、细胞增殖分化、能量产生及代谢等信号通路,为研究LPS在Pm对宿主致病机制中的作用奠定了基础,同时也为PmLPS疫苗的研发提供参考依据.
文献关键词：
多杀性巴氏杆菌;脂多糖;Illumina HiSea测序平台;转录组
中图分类号：
作者姓名：
吴艳茹;陈巧玲;刘志勇;李崇瑞;黄惠娴;翟哲;王雪梅;满初日嘎;杜丽;王凤阳
作者机构：
海南大学动物科技学/海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室/海口市动物基因工程重点实验室,海南 海口 570228
文献出处：
引用格式：
[1]吴艳茹;陈巧玲;刘志勇;李崇瑞;黄惠娴;翟哲;王雪梅;满初日嘎;杜丽;王凤阳-.多杀性巴氏杆菌脂多糖刺激羊支气管上皮细胞后的转录组测序与分析)[J].中国预防兽医学报,2022(07):704-711,717
A类：
PmLPS,HiSea
B类：
多杀性巴氏杆菌,脂多糖,支气管上皮细胞,转录组测序,毒力因子,致病机制,血清型,宿主,主细胞,6h,Illumina,HiSeq,测序平台,序数,转录水平,差异基因,功能注释,富集分析,qPCR,term,生物学过程,CC,生物学功能,MF,ATP,生物合成,合成过程,NADH,脱氢酶活性,RAGE,GTP,磷脂酶,A2,尿嘧啶,分解代谢,代谢过程,氧化磷酸化,产热,ECM,作用途径,Ras,泛酸,辅酶,细胞免疫,细胞增殖分化,能量产生
AB值：
0.221003
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