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低海拔与高海拔斑头雁肺脏的比较转录组学分析
文献摘要：
为探究高低海拔斑头雁肺脏差异表达基因和差异代谢通路的变化,基于Illumina NovaSeq 6000测序平台对斑头雁肺脏组织进行转录组测序,分析差异表达基因,利用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证,进一步对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析.结果:与高海拔组斑头雁肺脏相比,筛选出差异表达基因84个,其中上调差异表达基因51个,下调差异表达基因33个.经GO功能注释后富集到21个显著性GO功能,"生物过程"显著富集到11个条目,涉及代谢过程以及内源性刺激的应答等."细胞组成"显著富集到1个条目,涉及到细胞外区域."分子功能"显著富集到9个条目,涉及到酶活性、激素、转录因子、钠离子跨膜转运等.注释到KEGG的显著性富集通路有3条,涉及到糖胺聚糖降解通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路以及丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢通路.本研究结果丰富了斑头雁的基因资源,为该物种海拔适应相关基因的功能研究奠定了基础.
文献关键词：
斑头雁;肺脏;转录组;低海拔;高海拔
中图分类号：
作者姓名：
候建平;郑思思;朱丽琳;赵文信;何顺福;王稳
作者机构：
青海大学省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室,青海西宁 810016;西宁市野生动物疫源疫病监测站,青海西宁 810001
文献出处：
引用格式：
[1]候建平;郑思思;朱丽琳;赵文信;何顺福;王稳-.低海拔与高海拔斑头雁肺脏的比较转录组学分析)[J].畜牧与兽医,2022(01):1-7
A类：
B类：
低海拔,高海拔,斑头雁,肺脏,比较转录组,转录组学分析,差异表达基因,差异代谢通路,Illumina,NovaSeq,测序平台,转录组测序,功能富集分析,信号通路富集,通路富集分析,出差,调差,功能注释,生物过程,条目,代谢过程,内源性,性刺激,细胞组成,胞外区,外区域,钠离子,跨膜转运,富集通路,糖胺聚糖,降解通路,丝裂原活化蛋白激酶信号通路,丙氨酸,天冬氨酸,谷氨酸代谢,基因资源,功能研究
AB值：
0.303188
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