典型文献
sRNA SdsR敲除后沙门菌的转录组分析
文献摘要：
sRNA SdsR是σS调节子的成员,控制着细菌全局适应性反应,为探明sRNA SdsR敲除后沙门菌的转录组变化情况,本研究利用Illumina NovaSeq 6000高通量测序技术,对沙门菌LT2标准株和sRNA SdsR缺失株进行高通量测序,全方位预测SdsR的潜在靶基因的种类和功能;采用DESeq对基因表达进行差异分析,并对差异表达基因进行GO富集分析和KEGG pathway分析,进一步筛选差异表达基因行使的生物学功能以及所参与的信号途径;通过qRT-PCR验证部分差异基因结果的准确性.结果显示:对照组和实验组共筛选出25731760条和26866200条Clean Reads,DESeq差异分析获得差异基因共127个,其中基因表达量下调74个,上调53个;GO富集分析显示,显著差异表达基因主要富集在二醇分解代谢过程、乙二醇分解代谢过程等684个生物过程;KEGG pathway分析显示,显著差异表达基因主要参与丙酸代谢、双组分系统、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等27个信号途径;对筛选的10个差异基因进行qRT-PCR进行验证,结果显示,差异表达基因的mRNA转录水平与DESeq预测的结果上下调节趋势完全符合,表明测序结果可靠.本研究丰富了sRNA SdsR的靶基因数目,为进一步研究sRNA SdsR的作用机理、调控机制以及沙门菌的致病机制提供了基础.
文献关键词：
沙门菌;sRNA SdsR;高通量测序;靶基因
中图分类号：
作者姓名：
张家莉;杨阳;潘永;段世宇;令狐远凤;杨琦
作者机构：
贵州大学动物科学学院,贵阳550025;贵州大学动物疫病研究所,贵阳550025;贵州省动物疫病研究室,贵阳550025
文献出处：
引用格式：
[1]张家莉;杨阳;潘永;段世宇;令狐远凤;杨琦-.sRNA SdsR敲除后沙门菌的转录组分析)[J].中国动物传染病学报,2022(06):42-51
A类：
SdsR
B类：
sRNA,敲除,沙门菌,转录组分析,节子,适应性反应,研究利用,Illumina,NovaSeq,高通量测序技术,LT2,标准株,缺失株,靶基因,DESeq,差异表达基因,富集分析,pathway,生物学功能,信号途径,qRT,差异基因,Clean,Reads,基因表达量,分解代谢,代谢过程,乙二醇,生物过程,丙酸,双组分系统,丙氨酸,天冬氨酸,谷氨酸代谢,转录水平,完全符合,调控机制,致病机制
AB值：
0.269939
相似文献
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
