典型文献
羊口疮病毒感染对山羊皮肤成纤维细胞circRNA表达谱的影响
文献摘要：
旨在探究羊口疮病毒(orf virus,ORFV)感染对山羊皮肤成纤维细胞(goat skin fibroblast,GSF)环状RNA(cir-cular RNA,circRNA)表达谱的影响.以ORFV感染的GSF和未感染细胞为对象构建6个cDNA文库进行转录组测序,利用生物信息学方法进行circRNA鉴定、circRNA差异表达分析、差异circRNA的GO和KEGG功能富集分析,最后挑选9个差异circRNA进行qPCR和Sanger测序验证.结果发现,在未感染组和感染组分别鉴定到9979和10 844个circRNA,共有151个circRNA差异表达,其中59个circRNA表达上调,92个circRNA表达下调;GO富集分析表明,差异circRNA主要富集在炎症应答、上皮结构维持、细胞迁移正调控、泛素蛋白转移酶活性等生物学过程;KEGG富集分析表明,差异circRNA主要富集在紧密连接、黏着斑、血管平滑肌收缩、内吞作用、细胞因子受体相互作用等信号通路;circRNA1001,circRNA1684,circRNA3127和circRNA788表达量与转录组测序结果一致.本研究首次报道了 ORFV感染对GSF细胞circRNA表达谱的影响及差异circRNA在ORFV感染中的潜在功能,为ORFV与宿主互作机制研究提供新的线索.
文献关键词：
羊口疮病毒;山羊皮肤成纤维细胞;环状RNA;差异表达;GO和KEGG富集分析
中图分类号：
作者姓名：
庞峰
作者机构：
贵州大学动物科学学院,贵州 贵阳550025;贵州省动物疫病与兽医公共卫生重点实验室,贵州贵阳 550025
文献出处：
引用格式：
[1]庞峰-.羊口疮病毒感染对山羊皮肤成纤维细胞circRNA表达谱的影响)[J].中国兽医学报,2022(05):897-905
A类：
山羊皮肤成纤维细胞,circRNA1001,circRNA1684,circRNA3127,circRNA788
B类：
羊口疮病毒,表达谱,orf,virus,ORFV,goat,skin,fibroblast,GSF,cular,未感染,cDNA,文库,转录组测序,利用生物,生物信息学方法,差异表达分析,功能富集分析,qPCR,Sanger,炎症应答,细胞迁移,正调控,泛素,转移酶,生物学过程,紧密连接,黏着斑,血管平滑肌,肌收缩,内吞,细胞因子受体,首次报道,宿主,互作机制
AB值：
0.236883
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