典型文献
趋化因子CCL5在肾透明细胞癌发生发展中的作用
文献摘要：
目的 探讨趋化因子CCL5(C-C chemokine ligand 5)在肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)发生发展中的作用.方法 使用生物信息挖掘技术对GSE36895、GSE46699、GSE53757基因表达谱芯片数据集进行分析后取交集得到差异表达基因(differential expressed genes,DEGs),使用STRING数据库及 Cytoscape 的 cytoHubba应用程序得到蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks,PPI)及关键基因并进行排序,最后将所得关键基因在癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)及基因型-组织表达(genotype-tissue expression,GTEx)数据库中进行验证.随后使用细胞及动物实验验证CCL5对透明细胞癌细胞增殖的影响.结果 通过对GEO(Gene Expression Omnibus)数据库ccRCC的三个数据集使用R软件等工具进行分析,共得到934个DEGs,其中上调504个,下调430个.构建DEGs的PPI互作网络并通过cytoHubba筛选出最重要的10个基因并与TCGA及GTEx数据库数据进行对比,研究发现了趋化因子家族相关基因在ccRCC发生发展中起重要作用.与空白对照组比较,EdU检测提示CCL5沉默组786-0细胞的增殖显著减少(P＜0.05),CCK8检测提示CCL5沉默组786-0细胞的增殖显著亦减少(P＜0.001).通过小鼠异种移植肿瘤模型实验发现,相较空白对照组,在第50天,CCL5沉默组的肿瘤体积明显低于对照组(P＜0.001).结论 趋化因子CCL5在ccRCC发生发展中起到了重要作用.
文献关键词：
肾透明细胞癌;差异表达基因;生物信息学;趋化因子;CCL5
中图分类号：
作者姓名：
安云昭;张珩;田野;安凌悦;罗光恒
作者机构：
贵州省人民医院 泌尿外科,贵阳 550002
文献出处：
引用格式：
[1]安云昭;张珩;田野;安凌悦;罗光恒-.趋化因子CCL5在肾透明细胞癌发生发展中的作用)[J].泌尿外科杂志（电子版）,2022(04):52-57
A类：
GSE36895,GSE46699
B类：
趋化因子,CCL5,肾透明细胞癌,chemokine,ligand,clear,cell,renal,carcinoma,ccRCC,信息挖掘,挖掘技术,GSE53757,基因表达谱芯片,交集,差异表达基因,differential,expressed,genes,DEGs,STRING,Cytoscape,cytoHubba,应用程序,蛋白质互作网络,protein,interaction,networks,PPI,关键基因,癌症基因组图谱,cancer,genome,atlas,TCGA,基因型,组织表达,genotype,tissue,expression,GTEx,动物实验验证,癌细胞,GEO,Gene,Expression,Omnibus,空白对照,EdU,细胞的增殖,CCK8,异种移植,肿瘤模型,模型实验,肿瘤体积
AB值：
0.356983
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