典型文献
基于铁死亡相关的长链非编码RNA生物标志物可准确预测肾透明细胞癌患者预后
文献摘要:
目的:肾癌是一种具有高发病率与高死亡率的恶性肿瘤,肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcino-ma,ccRCC)是其中一个重要的组织亚型.关于铁死亡相关长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)生物标志物预测ccRCC患者生存的系统研究国内尚未开展,故有必要探索相应的铁死亡相关的lncRNA生物学标志物.方法:从美国癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中获得了 539份ccRCC样本中ln-cRNA 的表达谱.利用lncRNA与铁死亡相关基因的共表达网络选择铁死亡相关的lncRNA,使用单因素Cox回归进一步筛选预后相关的lncRNA,此外,使用Lasso回归和多因素Cox回归来构建铁死亡相关的lncRNA预测模型.在此基础上建立风险评分,根据风险评分中位值将患者分为高风险组和低风险组,识别ccRCC患者死亡风险.利用基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对铁死亡相关的lncRNA的功能富集进行了可视化.结果:22个与铁死亡相关预后的lncRNA(HOXB-AS4、AC002070.1、TNFRSF10 A-AS1、AL162231.2、CD27-AS1、LINC00944、LINC01126、AC084876.1、LINC01615、AL596442.2、AC064807.1、AL445472.1、HOXA-AS2、AC026401.3、LINC02027、AC147651.1、JPX、Z95115.1、AC092894.1、LINC00460、AC018695.6、AL445524.1)存在显著差异,构成了铁死亡相关的 lncRNA 生物标志物.该标志物将ccRCC患者分为低危组和高危组.多因素Cox回归分析证实铁死亡相关lncRNA生物标志物风险评分是ccRCC患者的一个显著的独立预后因素(P<0.001).此外,GO/KEGG富集分析提示22个lncRNA在铁死亡过程、代谢和肿瘤经典通路中均有显著富集.结论:综上所述,这22个与铁死亡相关的ln-cRNA 可能是ccRCC患者的分子生物标志物和治疗靶点.
文献关键词:
铁死亡;长链非编码RNA;肾透明细胞癌;预后
中图分类号:
作者姓名:
林永帅;张发财;谭伟伟;马牧溪;刘晋阳;胡江生;金银铃;胡欢;吴志平
作者机构:
贵州医科大学 贵阳,550004;四川大学华西医院泌尿外科;贵州医科大学附属医院泌尿外科;湖北民族大学附属民大医院泌尿外科;黔南州人民医院泌尿外科
文献出处:
引用格式:
[1]林永帅;张发财;谭伟伟;马牧溪;刘晋阳;胡江生;金银铃;胡欢;吴志平-.基于铁死亡相关的长链非编码RNA生物标志物可准确预测肾透明细胞癌患者预后)[J].临床泌尿外科杂志,2022(04):295-301
A类:
AS4,AC002070,TNFRSF10,AL162231,LINC00944,LINC01126,AC084876,LINC01615,AL596442,AC064807,AL445472,AC026401,LINC02027,AC147651,JPX,Z95115,AC092894,LINC00460,AC018695,AL445524
B类:
长链非编码,生物标志物,准确预测,肾透明细胞癌,肾癌,clear,cell,renal,carcino,ma,ccRCC,关长,long,noncoding,lncRNA,生物学标志物,癌症基因图谱,Cancer,Atlas,TCGA,表达谱,铁死亡相关基因,共表达网络,网络选择,Cox,Lasso,归来,风险评分,中位值,高风险组,低风险组,死亡风险,基因本体论,Ontology,京都基因与基因组百科全书,Kyoto,Encyclopedia,Genes,Genomes,功能富集,HOXB,AS1,CD27,HOXA,AS2,独立预后因素,富集分析,综上所述,治疗靶点
AB值:
0.244173
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