目的 生物信息学方法分析肠道病毒A71型(EV71)微小RNA(microRNA,miRNA)芯片数据,寻找起关键作用的miRNA分子,为临床诊疗提供标志物.方法 对基因表达综合数据库(GEO)中数据集GSE57372应用GEO2R在线工具进行差异分析,用TAM2.0数据库对差异miRNA做聚类富集分析,对上调和下调的miRNA分子应用mirTarBase v6.0数据库分别做靶基因预测,然后应用STRING对预测的靶基因结果分别进行蛋白互作分析,接下来分别导入Cytoscape软件用插件Cyto-hubba筛选排名前10的关键基因,并对miRNA和关键基因做互作关系图,最后在数据集GSE45816中对差异miRNA表达水平进行外部验证.结果 GEO2R分析表达矩阵后得到差异倍数2倍以上,P<0.05的差异miRNA共11个,其中7个上调,4个下调,TAM2.0聚类分析结果显示差异miRNAs功能主要聚类在固有免疫、细胞周期、胶原合成、细胞凋亡和炎症等生物过程,疾病主要聚类在流感、HBV、HIV、缺血性休克和腺病毒感染等;mirTarBase靶基因结果显示:7个上调miRNA预测到靶基因380个,4个下调miRNA预测到靶基因210个,应用Cytoscape分别筛选关键基因10个并构建miRNA和靶基因互作关系图,结果显示miR-29b-3p、miR-455-5p、miR-30c-1-3p、miR-149-3p、miR-483-5p、miR-320c、miR-2861等7个miRNA在关系图中处于核心,揭示它们可能在疾病发生发展过程中起关键调控作用;GSE45816外部验证结果发现miR-320c在感染组比对照组相比表达水平升高.结论 通过分析差异表达miRNA聚类分析和靶基因预测分析表明miR-320c、miR-149-3p和miR-30c-1-3p等可能参与EV71病毒感染后的复杂生物调控过程,其表达水平也得到了验证,表明这4个miRNA可作为关键标志物,为进一步机制研究提供基础.

EV71;miRNA;GEO

郑州大学附属儿童医院 河南省儿童医院 郑州儿童医院 郑州市儿童感染与免疫重点实验室,河南 郑州 450000

[1]单志鸣;杨俊梅;孙红启;李铁威;成怡冰-.基于生物信息学方法对EV71感染miRNA生物标志物筛选及鉴定)[J].实验与检验医学,2022(03):249-253

GSE57372,hubba,GSE45816

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