典型文献
miR-139-5p靶基因参与调控人骨肉瘤细胞表型的机制分析
文献摘要：
目的 通过生物信息学方法预测miR-139-5 p的靶基因,并对靶基因进行信号通路富集分析,结合蛋白质互作(PPI)网络分析筛选核心基因.方法 使用dbDEMC数据库检索miR-139-5 p在骨肉瘤细胞中的表达,使用miRSystem网站的生物信息学数据库进行miR-139-5 p的靶基因预测,利用DAVID6.8软件对miR-139-5 p的靶基因开展KEGG信号通路富集分析,利用string软件对KEGG聚类分析中发现的与肿瘤密切相关的基因进行PPI网络分析,获得相关参数,然后将数据导入Cytoscape 3.8软件,由其插件MCODE筛选出核心基因,并利用H CMDB数据库分析其在骨肉瘤中的表达,选择有阳性意义的基因作为核心基因.结果 miR-139-5p表达水平在骨肉瘤细胞中明显下调(P<0.05).预测分析共获得407个靶基因,富集在59条信号通路中,其中与肿瘤关系密切的通路有21条,分别是mTOR通路、癌症中的蛋白多糖、小细胞肺癌、cAMP信号通路、细胞外受体相互作用、焦点粘连、胶质瘤等.PPI网络分析显示,21条信号通路中的NOTCH1、FN1、CXCR4和RPS6KB1是参与miR-139-5p调控人骨肉瘤细胞生物表型的关键核心基因.结论 miR-139-5p可能是骨肉瘤细胞中潜在的抑癌基因,与骨肉瘤具有相关性,富集于21条信号通路中的癌基因的异常表达与其细胞恶性表型具有显著相关性.靶基因NOTCH1、FN1、CXCR4和RPS6KB1是miR-139-5p调控骨肉瘤发生、发展及预后的关键核心基因.另外,生物信息学分析发现的具有高度相关性的癌基因和信号通路为探讨其功能和机制提供了线索和依据.
文献关键词：
miR-139-5p;骨肉瘤;信号通路;核心基因
中图分类号：
作者姓名：
魏代平;李海龙;颜春鲁;汪永锋;吕栋辉;张金龙;李嘉进
作者机构：
甘肃省兰州市皋兰县人民医院骨科,甘肃兰州 730299;甘肃中医药大学,甘肃兰州 730000
文献出处：
引用格式：
[1]魏代平;李海龙;颜春鲁;汪永锋;吕栋辉;张金龙;李嘉进-.miR-139-5p靶基因参与调控人骨肉瘤细胞表型的机制分析)[J].国际检验医学杂志,2022(04):460-464
A类：
dbDEMC,miRSystem
B类：
5p,人骨肉瘤细胞,细胞表型,机制分析,生物信息学方法,对靶,信号通路富集,通路富集分析,结合蛋白,PPI,核心基因,数据库检索,靶基因预测,DAVID6,string,数据导入,Cytoscape,插件,MCODE,CMDB,数据库分析,预测分析,共获,mTOR,小细胞肺癌,cAMP,粘连,胶质瘤,NOTCH1,FN1,CXCR4,RPS6KB1,生物表型,抑癌基因,异常表达,恶性表型,显著相关性,生物信息学分析
AB值：
0.241898
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