典型文献
辽宁省地区人乳头瘤病毒33型基因多态性分析
文献摘要：
研究人乳头瘤病毒(Human papillomavirus,HPV)33型E6和E7基因在辽宁省地区的基因多态性分布情况,增加对HPV33基因多态性地理分布情况的了解,为HPV33的诊断,靶向药和疫苗的研发提供理论依据.使用巢式PCR扩增方法对从已确诊HPV33阳性患者宫颈细胞提取的DNA样本进行E6和E7基因的扩增并测序,随后应用MegaX软件将所得测序结果与参考序列比对确定突变位点并进行系统发育树的构建.应用PAML4.9软件中的Codeml程序找出突变中的正向选择位点.分别应用ABC Pred server,ProPred-Ⅰ server和ProPred server寻找理想的B细胞免疫表位,人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen,HLA)Ⅰ类结合表位和人类白细胞抗原(HLA)Ⅱ类结合表位.共得到HPV33E6和E7序列各136个.与HPV33参考序列(M12732.1)进行比对后,E6基因中观测到17个单核苷酸突变,同义突变7个,非同义突变10个.E7基因中观测到9个单核苷酸突变,其中同义突变3个,非同义突变6个.系统发育分析显示HPV33E6和E7 A谱系在中国东北地区最为流行,其次是B谱系,本研究中并未检测到C谱系.在全部E6和E7序列中仅找到K93N 一个阳性选择位点位于E6基因.在HPV33E6中预测得到8个MHCⅠ类表位,6个MHCⅡ类表位和1个B细胞表位.HPV33E7中预测到5个MHCⅠ类表位,6个MHCⅡ类表位和3个B细胞表位.研究中检测到的绝大部分非同义突变存在于预测表位中.在辽宁省地区,HPV33E6和E7基因呈基因多态性分布,且A谱系为最常见谱系.研究所得结果可为HPV33检测探针、靶向药物和疫苗的研究和临床应用提供理论基础.
文献关键词：
HPV33;E6基因;E7基因;基因多态性;宫颈癌
中图分类号：
作者姓名：
于淼;吴思;王爽;崔畅婉;路一平;孙峥嵘
作者机构：
中国医科大学附属盛京医院生物样本库,沈阳110004
文献出处：
引用格式：
[1]于淼;吴思;王爽;崔畅婉;路一平;孙峥嵘-.辽宁省地区人乳头瘤病毒33型基因多态性分析)[J].病毒学报,2022(02):354-362
A类：
PAML4,Codeml,ProPred,HPV33E6,M12732,K93N,HPV33E7
B类：
省地,人乳头瘤病毒,基因多态性,多态性分析,Human,papillomavirus,地理分布,增方,宫颈细胞,细胞提取,MegaX,参考序列,序列比对,突变位点,系统发育树,正向选择位点,ABC,server,细胞免疫,人类白细胞抗原,leukocyte,antigen,HLA,单核苷酸,核苷酸突变,同义突变,非同,系统发育分析,中国东北地区,未检,性选择,MHC,细胞表位,绝大部分,检测探针,靶向药物,宫颈癌
AB值：
0.193478
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