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2020—2021年山东省水痘-带状疱疹病毒基因特征分析
文献摘要:
目的:分析2020—2021年山东省水痘-带状疱疹病毒(VZV)的基因特征。方法:于2020年1月到2021年12月收集85份山东省疑似水痘患者的疱疹液样本,采用实时荧光定量PCR检测VZV核酸,筛查疑似样本。通过PCR和Sanger法测序检测阳性样本的开放阅读框(ORF)ORF22片段和ORF38片段的6个单核苷酸多态性(SNP)位点,确定病毒基因型别;检测ORF38片段和ORF62片段的4个SNP位点鉴别疫苗株和野毒株。从GenBank数据库上下载VZV各基因型参考序列,采用Sequencher软件和Mega7软件进行序列分析。结果:85份疑似水痘样本中,有80份样本为VZV阳性,均为野毒株,属于clade 2遗传分支。80株序列与clade 2代表株相比,ORF22片段的核苷酸与氨基酸的同源性分别为99.5%~100%和98.5%~100%。其中病毒毒株SD20-1、SD20-5、SD20-6、SD20-8、SD20-9、SD20-10、SD20-11、SD20-12、SD20-13、SD20-30和SD20-31均在37990位点发生A?G的碱基突变,导致所编码氨基酸由谷氨酰胺变为精氨酸;SD21-1在38059位点发生C?A的碱基突变,导致编码苏氨酸变为天冬酰胺。结论:2020—2021年山东省VZV基因型均属于clade 2型别的野毒株。
文献关键词:
水痘-带状疱疹病毒;基因型;野生型毒株;疫苗株
中图分类号:
作者姓名:
陈萌;王素婷;刘尧;熊萍;陶泽新;张丽;贾金丽;王常银;许松涛
作者机构:
山东省疾病预防控制中心免疫预防管理所,济南 250014;山东齐都药业有限公司 山东省脑神经保护类药物重点实验室,淄博 255400;聊城市疾病预防控制中心,聊城 252000;中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所,北京 102206
文献出处:
引用格式:
[1]陈萌;王素婷;刘尧;熊萍;陶泽新;张丽;贾金丽;王常银;许松涛-.2020—2021年山东省水痘-带状疱疹病毒基因特征分析)[J].中华预防医学杂志,2022(08):1080-1086
A类:
Sequencher,SD20,SD21,野生型毒株
B类:
水痘,带状疱疹病毒,病毒基因,基因特征分析,VZV,似水,查疑,Sanger,阳性样本,开放阅读框,ORF22,ORF38,单核苷酸多态性,SNP,基因型别,ORF62,疫苗株,野毒株,GenBank,下载,参考序列,Mega7,序列分析,clade,代表株,同源性,病毒毒株,碱基突变,谷氨酰胺,精氨酸,苏氨酸,天冬酰胺
AB值:
0.241172
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