典型文献
膀胱癌关键基因的筛选及预后相关性分析
文献摘要：
目的:利用生物信息学方法筛选膀胱癌进展过程中相关差异基因并揭示其对膀胱癌预后影响的潜在分子机制.方法:从GEO数据库中下载膀胱癌芯片表达谱数据集GSE37815和GSE65635,通过生物信息学方法进行二次挖掘分析.结果:从两个数据集中共获得387个共同差异基因(djust P<0.05且|log2FC|>1,FC为变化倍数),GO富集分析显示基因主要富集在调节细胞增殖、质膜、细胞骨架蛋白结合.KEGG通路富集主要涉及的通路有黏着斑通路、血管平滑肌收缩、紧密连接、细胞周期和补体-凝血级联.通过构建蛋白互作网络筛选出血管内皮生长因子A(VEGFA)、拓扑异构酶Ⅱα(TOP2A)、细胞周期蛋白B1(CCNB1)和α-平滑肌肌动蛋白(ACTA2)4个关键基因.预后分析发现,其中两个基因ACTA2、VEGFA的表达与膀胱癌患者的预后相关(P<0.05).结论:本研究通过生物信息学深入挖掘GEO数据库膀胱癌表达谱芯片数据集,筛选出5条膀胱癌进展相关通路和4个关键基因,有助于对膀胱癌发生和发展机制的理解,并为寻找膀胱癌治疗靶点和药物的开发提供了理论依据和参考.
文献关键词：
膀胱癌;GEO数据库;生物信息学;基因;数据挖掘
中图分类号：
作者姓名：
高鑫;张淑芳
作者机构：
中南大学湘雅医学院附属海口医院中心实验室,海南 海口 570208;中国医学科学院北京协和医学院(清华大学医学部)研究生院,北京 100005;吉首大学附属第四医院怀化市第一人民医院检验科,湖南 怀化 418000
文献出处：
引用格式：
[1]高鑫;张淑芳-.膀胱癌关键基因的筛选及预后相关性分析)[J].感染、炎症、修复,2022(03):131-137
A类：
GSE37815,GSE65635,djust
B类：
关键基因,预后相关性分析,利用生物,生物信息学方法,差异基因,膀胱癌预后,预后影响,GEO,下载,谱数据,挖掘分析,共获,log2FC,倍数,富集分析,质膜,细胞骨架蛋白,蛋白结合,通路富集,黏着斑,血管平滑肌,肌收缩,紧密连接,补体,蛋白互作网络,血管内皮生长因子,VEGFA,拓扑异构酶,TOP2A,细胞周期蛋白,CCNB1,平滑肌肌动蛋白,ACTA2,预后分析,膀胱癌患者,表达谱芯片,相关通路,发展机制,治疗靶点
AB值：
0.307045
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