首站-论文投稿智能助手
典型文献
脓毒症外源性ARDS关键基因及信号通路的转录组学分析
文献摘要:
目的:分析脓毒症外源性急性呼吸窘迫综合征(ARDS)大鼠的差异表达基因(DEG),从转录组水平探讨脓毒症ARDS的早期诊断及防护机制。方法:将12只6~8周龄雄性SD大鼠按随机数字表法分为脂多糖(LPS)致脓毒症ARDS模型组(模型组,腹腔注射LPS 15 mg/kg)与对照组(腹腔注射等量生理盐水),每组6只。分别提取两组大鼠左肺组织RNA,采用illumina Hiseq测序平台的双端测序模式进行高通量测序。采用DESeq2软件以| log 2差异倍数(FC)|≥3且 P<0.001筛选DEG。对DEG进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路富集分析。使用STRING在线数据库和CytoScape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选关键基因。分离并提取2021年3月至11月连云港市第一人民医院急危重症医学部收治的20例脓毒症患者及20例年龄匹配的同期健康体检者的外周血单个核细胞(PBMC),采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)对关键基因进行验证。 结果:共筛选出DEG 286个,其中上调基因202个,下调基因84个。GO富集分析表明,DEG主要参与了中性粒细胞趋化迁移、抗菌体液反应、宿主免疫应答及体液免疫反应等生物学过程;KEGG富集分析显示,DEG主要通过参与白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路及趋化因子信号通路发挥生物学作用。PPI分析共筛选出节点蛋白262个,相互作用关系852条边;筛选出前15位关键基因,分别为IL-6、TNF、IL-10、IL-1β、CXC趋化因子配体1(CXCL1)、CXCL10、CXC趋化因子受体3(CXCR3)、CXCR2、CXCL9、CC趋化因子配体7(CCL7)、CXCL11、CCL1、CXCL13、CCL12、CCL22。采用RT-qPCR对脓毒症ARDS患者与健康对照者PBMC进行差异基因测序验证,结果显示,脓毒症患者5个代表性关键基因表达明显高于健康对照者〔IL-6 mRNA(2 -ΔΔCt):2.803±1.081比0.951±0.359,TNF mRNA(2 -ΔΔCt):2.376±0.799比1.150±0.504,CXCL10 mRNA(2 -ΔΔCt):2.500±0.815比1.107±0.515,CXCR3 mRNA(2 -ΔΔCt):1.655±0.628比0.720±0.388,CCL22 mRNA(2 -ΔΔCt):1.804±0.878比1.010±0.850,均 P<0.05〕,与RNA测序结果一致。 结论:炎症细胞趋化迁移脱颗粒、细胞因子免疫应答反应等生物学过程和CXCL10/CXCR3、IL-17等信号通路在脓毒症外源性ARDS发生发展过程中起着重要的作用,可作为进一步研究肺损伤机制和临床防治的新思路及新靶点。
文献关键词:
脓毒症;急性呼吸窘迫综合征;转录组学;生物信息学;关键基因
作者姓名:
谢永鹏;骆继业;王言理;胡文霞;芦雨;张倩;李小民
作者机构:
连云港市第一人民医院急危重症医学部,连云港市急诊医学研究所,江苏连云港 222000
引用格式:
[1]谢永鹏;骆继业;王言理;胡文霞;芦雨;张倩;李小民-.脓毒症外源性ARDS关键基因及信号通路的转录组学分析)[J].中华危重病急救医学,2022(11):1154-1160
A类:
CCL1,CCL12
B类:
脓毒症,外源性,ARDS,转录组学分析,性急,急性呼吸窘迫综合征,差异表达基因,DEG,防护机制,周龄,脂多糖,LPS,腹腔注射,等量,生理盐水,肺组织,illumina,Hiseq,测序平台,双端,DESeq2,log ,倍数,FC,基因本体,功能富集分析,京都基因与基因组百科全书,通路富集分析,STRING,CytoScape,软件构建,蛋白质相互作用,PPI,选关,连云港市,急危重症,危重症医学,医学部,健康体检者,外周血单个核细胞,PBMC,实时荧光定量聚合酶链反应,qPCR,细胞趋化,菌体,宿主免疫,免疫应答,体液免疫,免疫反应,生物学过程,生物学作用,相互作用关系,趋化因子配体,CXCL10,趋化因子受体,CXCR3,CXCR2,CXCL9,CCL7,CXCL11,CXCL13,CCL22,差异基因,基因测序,关键基因表达,2 ,Ct,炎症细胞,脱颗粒,应答反应,肺损伤,损伤机制,临床防治,新靶点
AB值:
0.276712
相似文献
机标中图分类号,由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成,仅供学习研究参考。