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典型文献
生物信息学分析筛选慢性阻塞性肺疾病急性加重的关键致病基因
文献摘要:
目的:通过生物信息学分析筛选慢性阻塞性肺疾病急性加重(AECOPD)的关键致病基因。方法:从基因表达谱(GEO)数据库下载GSE60399数据集,该数据集包含AECOPD患者(AECOPD组)与健康人和稳定期慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者(对照组)的外周血单个核细胞(PBMCs)基因数据。使用GEO2R分析工具筛选AECOPD组与对照组PBMCs的差异表达基因(DEGs)。采用DAVID 6.8数据库进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科(KEGG)富集分析。利用STRING在线数据库对DEGs编码蛋白进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,并使用Cytoscape确定前10位DEGs。结果:从GSE60399数据集中共筛选出106个DEGs,其中94个上调基因和12个下调基因。GO分析显示,106个DEGs主要涉及3条生物途径、6类细胞定位和2类细胞功能;KEGG富集分析显示,106个DEGs主要包括百日咳、补体系统、金黄色葡萄球菌感染、系统性红斑狼疮、细胞黏附分子和美洲锥虫病6条KEGG通路。PPI网络图筛选出了前10位关键DEGs,包括纤维连接蛋白1(FN1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、肌动蛋白α2(ACTA2)、结缔组织生长因子(CCN2)、基质金属蛋白酶2(MMP2)、齿状蛋白1(JAG1)、正常上皮细胞特异性基因(NES)、细胞角蛋白19(KRT19)、粘附素5(CDH5)、黑素瘤细胞黏附分子(MCAM),均为上调基因。结论:FN1、VEGFA、ACTA2、CCN2、MMP2、JAG1、NES、KRT19、CDH5及MCAM是AECOPD患者的关键致病基因,今后可通过深入研究这些基因来进一步阐明AECOPD发生发展的机制。
文献关键词:
肺疾病,慢性阻塞性;急性加重期;基因;计算机生物学
作者姓名:
冯芳;杨虎勇;杨伟伟;陈宇
作者机构:
730030 兰州,兰州大学第二医院重症医学科;731100 甘肃临夏回族自治州,临夏州人民医院重症医学科
引用格式:
[1]冯芳;杨虎勇;杨伟伟;陈宇-.生物信息学分析筛选慢性阻塞性肺疾病急性加重的关键致病基因)[J].中华危重症医学杂志(电子版),2022(04):265-270
A类:
GSE60399,CDH5,计算机生物学
B类:
生物信息学分析,慢性阻塞性肺疾病急性加重,致病基因,AECOPD,基因表达谱,下载,健康人,稳定期慢性阻塞性肺疾病,外周血单个核细胞,PBMCs,基因数据,GEO2R,差异表达基因,DEGs,DAVID,基因本体,京都,百科,富集分析,STRING,编码蛋白,蛋白质相互作用,PPI,Cytoscape,生物途径,细胞定位,细胞功能,百日咳,补体系统,金黄色葡萄球菌感染,系统性红斑狼疮,细胞黏附分子,美洲锥虫,锥虫病,网络图,纤维连接蛋白,FN1,血管内皮生长因子,VEGFA,肌动蛋白,ACTA2,结缔组织生长因子,CCN2,基质金属蛋白酶,MMP2,齿状,JAG1,上皮细胞,细胞特异性,特异性基因,NES,细胞角蛋白,KRT19,粘附,黑素瘤细胞,MCAM,急性加重期
AB值:
0.2914
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