典型文献
基于生物信息学分析筛选脓毒症诱导急性肺损伤的关键基因
文献摘要：
目的:通过生物信息学分析筛选脓毒症诱导急性肺损伤（ALI）的关键基因。方法:从基因表达谱（GEO）数据库中下载GSE10474数据集，该数据集包含13例脓毒症ALI患者样本（ALI组）和21例脓毒症患者样本（脓毒症组）基因数据。使用limma包筛选两组样本的差异表达基因，并对筛选出的差异表达基因进行基因本体论（GO）功能分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。通过STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络并确定前10位hub基因。结果:从GSE10474数据集中共筛选出115个差异表达基因，其中65个上调基因，50个下调基因。GO分析显示，生物过程的基因主要富集在金属离子稳态、氧化应激、电离辐射等；细胞组分主要富集在液泡膜、高尔基体膜、内质网膜、溶酶体膜等生物膜；这些基因主要与生物跨膜、泛素结合酶活性、蛋白络氨酸、丝氨酸和苏氨酸激酶结合蛋白活性以及蛋白激酶抑制活性等分子功能相关。KEGG富集分析显示，差异表达基因主要富集在磷脂酶信号通路、胰岛素信号通路、T细胞介导的免疫反应以及免疫相关的信号通路。PPI网络图筛选出了前10位hub基因，分别为CD4、CD74、髓细胞核分化抗原（MNDA）、髓细胞触发受体1（TREM1）、人白细胞抗原DRA（HLA-DRA）、细胞附着蛋白1相互作用蛋白（CYTIP）、凝血因子XⅢA链（F13A1）、血清胱抑素F（CST7）、丝裂原激活蛋白激酶1（MAPK1）、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1A（CDKN1A）。结论:CD4、CD74、MNDA、TREM1、HLA-DRA、CYTIP、F13A1、CST7、MAPK1及CDKN1A是脓毒症诱导ALI的关键基因，可作为临床治疗和新药开发的新靶点。
文献关键词：
脓毒症;急性肺损伤;基因;计算机生物学
中图分类号：
作者姓名：
梁哲浩;方明笋;胡弘毅;陶涛;徐孝平;孙华琴
作者机构：
310006 杭州，浙江中医药大学附属第一医院超声诊断科;310053 杭州，浙江中医药大学动物实验研究中心;310006 杭州，浙江中医药大学附属第一医院麻醉科
文献出处：
引用格式：
[1]梁哲浩;方明笋;胡弘毅;陶涛;徐孝平;孙华琴-.基于生物信息学分析筛选脓毒症诱导急性肺损伤的关键基因)[J].中华危重症医学杂志（电子版）,2022(05):360-366
A类：
GSE10474,CYTIP,CST7,计算机生物学
B类：
生物信息学分析,脓毒症,急性肺损伤,关键基因,ALI,基因表达谱,GEO,下载,基因数据,limma,差异表达基因,基因本体论,功能分析,京都基因与基因组百科全书,富集分析,STRING,数据库构建,蛋白质相互作用,PPI,hub,生物过程,金属离子,离子稳态,电离辐射,液泡,高尔基体,内质网,溶酶体,生物膜,泛素结合酶,丝氨酸,苏氨酸,结合蛋白,蛋白活性,酶抑制活性,磷脂酶,胰岛素信号通路,免疫反应,免疫相关,网络图,CD4,CD74,细胞核,分化抗原,MNDA,TREM1,人白细胞抗原,DRA,HLA,相互作用蛋白,凝血因子,F13A1,血清胱抑素,丝裂原激活蛋白激酶,MAPK1,细胞周期蛋白依赖性激酶,激酶抑制剂,CDKN1A,新药开发,新靶点
AB值：
0.304304
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