典型文献
基于生物信息学构建阿尔茨海默病内源竞争RNA调控网络
文献摘要：
目的 探讨阿尔茨海默病(AD)中差异长链非编码RNA(lncRNA)与靶向微RNA(miRNA)、mRNA的相互作用关系及其导致AD的发病机制.方法 在基因表达综合数据库(GEO)中下载数据,筛选出在AD早中晚期存在差异表达的lncRNA和mRNA,运用RegRNA预测lncRNA的靶向miRNA,TargetScan,TargetMiner,miRDB预测miRNA的靶向mRNA,DAVID对mRNA进行富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,Cytoscape进行网络图构建,对差异表达的mRNA进行蛋白质相互作用(PPI)分析并运用Cytoscape找出关键基因.结果 从数据集GSE28146中早中晚差异表达的侯选差异基因(pDEGs)中筛选出LINC02047、LINC01124、LINC00582和LINC02478,预测差异lncRNA的下游靶miRNA有hsa-mir-132-3p、hsa-mir-1254、hsa-mir-3612、hsa-mir-4640-5p、hsa-mir-4690-3p和hsa-mir-4786-3p,然后预测靶miRNA的下游mRNA并构建AD的lncRNA-miRNA-mRNA调节网络.结论 LINC02047、LINC01124和LINC02478通过对miR-4060、miR-4090、miR-4786、miR-3612、miR-1254和miR-132的调控影响AD的发生发展.
文献关键词：
阿尔茨海默病;内源竞争RNA;长链非编码RNA;生物信息学
中图分类号：
作者姓名：
曲浩宁;朱文韬;何群
作者机构：
中国医科大学生命科学学院生物信息学教研室,沈阳 110122
文献出处：
引用格式：
[1]曲浩宁;朱文韬;何群-.基于生物信息学构建阿尔茨海默病内源竞争RNA调控网络)[J].中国医科大学学报,2022(02):169-173
A类：
TargetMiner,GSE28146,pDEGs,LINC02047,LINC01124,LINC00582,LINC02478
B类：
阿尔茨海默病,调控网络,AD,长链非编码,lncRNA,miRNA,相互作用关系,基因表达综合数据库,GEO,下载数据,早中晚,中晚期,差异表达,RegRNA,TargetScan,miRDB,DAVID,富集分析,京都基因与基因组百科全书,通路分析,Cytoscape,网络图,蛋白质相互作用,PPI,关键基因,差异基因,hsa,mir,3p,5p
AB值：
0.21985
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