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基于生物信息学寻找乳腺癌干细胞上皮间充质转换的关键调节基因
文献摘要：
目的:探讨乳腺癌干细胞中上皮间充质转换的关键调节基因.方法:检索获得乳腺癌干细胞芯片数据集GSE32455和GSE59281,采用limma包筛选从乳腺癌干细胞分离克隆而来的间充质样基底细胞(G4)样本和上皮样基底细胞(A4)样本间差异表达基因,对差异基因进行功能注释和蛋白质互作分析,运用Cytoscape软件中的MCODE插件获取关键模块,利用GeneMANIA找到关键通路,并结合预后分析找到关键基因.采用STARBASE和miRDB数据库预测靶向关键基因的miRNA,采用STARBASE和LncBase Predicted v.2数据库预测上游lncRNA.结果:得到差异表达基因438个,关键模块富集到I型干扰素细胞反应通路,关键基因XAF1和IRF6与预后相关,lncRNA CLRN1-AS1可能通过靶向has-miR-320c调控关键基因IRF6.结论:I型干扰素通路参与了乳腺癌干细胞亚群中上皮间充质转化可塑性的调控过程,关键基因XAF1和IRF6为靶向乳腺癌干细胞上皮间充质转化过程提供了新的思路.
文献关键词：
乳腺癌干细胞;上皮间充质转换;生物信息学;差异表达基因
中图分类号：
作者姓名：
向左娟;胡晓杰;陈小娟;潘勇
作者机构：
湖南省肿瘤医院/中南大学湘雅医学院附属肿瘤医院,长沙 410013
文献出处：
引用格式：
[1]向左娟;胡晓杰;陈小娟;潘勇-.基于生物信息学寻找乳腺癌干细胞上皮间充质转换的关键调节基因)[J].湖南师范大学学报（医学版）,2022(02):51-55
A类：
上皮间充质转换,GSE32455,GSE59281,STARBASE,IRF6,CLRN1
B类：
乳腺癌干细胞,limma,细胞分离,基底细胞,G4,上皮样,A4,差异表达基因,差异基因,功能注释,互作分析,Cytoscape,MCODE,插件,GeneMANIA,预后分析,关键基因,miRDB,miRNA,LncBase,Predicted,lncRNA,XAF1,AS1,has,320c,干扰素通路,细胞亚群,上皮间充质转化,可塑性,转化过程
AB值：
0.265531
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