典型文献
基于数据挖掘和网络拓扑学对藏药红景天调控脑微循环作用靶点和信号通路的筛选
文献摘要：
目的:基于化学相似性靶点预测与网络拓扑学分析方法，对藏药红景天改善脑微循环潜在作用靶点进行虚拟筛选。方法:通过化学成分数据库及相关文献信息提取收集红景天化学成分，利用药代动力学参数（如吸收、分布、代谢、排泄，即ADME）筛选出活性成分；利用swiss在线靶点预测平台采用化学相似性方法预测红景天活性成分的潜在靶点；通过GeneCards数据库获取脑微循环相关靶点，并获取红景天活性成分与脑微循环共有靶点；利用STRING数据库获取共有靶点蛋白间相互作用关系；利用Cytoscape软件构建蛋白质间相互作用（PPI）网络模型，基于网络拓扑学算法获取核心靶点（core target）；最后，对共有靶点进行KEGG分析，明确藏药红景天改善脑微循环的主要信号通路。结果:从藏药红景天中筛选出76个活性成分和660个靶点，获取脑微循环相关靶点526个，交集靶点141个，核心靶点AKT1、肿瘤坏死因子（TNF）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、表皮生长因子受体（EGFR）、非受体酪氨酸激酶（SRC）、胱天蛋白酶（Casp 3），反向查找核心靶点相关成分，获取25个关键活性成分。《京都议定书》的基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析得到150条通路（P＜0.01），其中最主要的信号通路包括：缺氧诱导因子（HIF）-1信号通路、Rap1信号通路、黏着斑、松弛素信号通路、Ras信号通路、磷酸肌醇3激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、TNF信号通路、ErbB信号通路。结论:藏药红景天可通过多成分、多靶点、多通路协同发挥改善脑微循环作用，该研究初步筛选出了藏药红景天调控脑微循环潜在作用靶点及作用的信号通路，为进一步拓展应用藏药红景天的脑保护（药理作用）提供了较为丰富的理论依据。
文献关键词：
脑微循环;红景天;化学相似性预测;网络拓扑学分析;信号通路
中图分类号：
作者姓名：
马四清;陈强;徐颖;闫秀娟;刘娟丽
作者机构：
810007 西宁，青海省人民医院重症医学科;810007 西宁，青海省第五人民医院神经内科
文献出处：
引用格式：
[1]马四清;陈强;徐颖;闫秀娟;刘娟丽-.基于数据挖掘和网络拓扑学对藏药红景天调控脑微循环作用靶点和信号通路的筛选)[J].中华重症医学电子杂志（网络版）,2022(04):353-359
A类：
swiss,化学相似性预测
B类：
藏药红景天,脑微循环,作用靶点,靶点预测,网络拓扑学分析,潜在作用,虚拟筛选,成分数据,文献信息,信息提取,药代动力学参数,排泄,ADME,出活,相似性方法,潜在靶点,GeneCards,循环相关,STRING,靶点蛋白,相互作用关系,Cytoscape,软件构建,蛋白质间相互作用,PPI,核心靶点,core,target,交集靶点,AKT1,血管内皮生长因子,VEGFA,甘油醛,GAPDH,丝裂原活化蛋白激酶,MAPK3,表皮生长因子受体,EGFR,非受体酪氨酸激酶,SRC,胱天蛋白酶,Casp,关键活性成分,京都议定书,百科全书,通路富集分析,缺氧诱导因子,HIF,Rap1,黏着斑,松弛素信号通路,Ras,磷酸肌醇,PI3K,Akt,ErbB,多成分,多靶点,多通路,初步筛选,拓展应用,脑保护,药理作用
AB值：
0.277847
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