典型文献
鱼类环境DNA metabarcoding片段的近缘物种识别差异
文献摘要：
已知的鱼类环境DNA(eDNA)metabarcoding片段均未被针对性考察其对近缘物种的适用性,实际使用过程中存在"物种丢失"风险.为筛选出物种识别率最高的片段,本研究比较了15个主流片段对106属(共935种)鱼类的识别差异.研究结果如下:(1)蛋白质编码基因(COI,片段15)的物种识别率最高,但其引物通用性最差;片段09、片段11、片段07、片段03、片段12的引物序列总平均遗传距离也较大,均存在eDNA低效扩增的风险;(2)片段长度影响物种识别率,核糖体基因中片段05、片段06、片段01、片段02及片段13的物种识别率较高;(3)非度量多维尺度分析(NMDS)显示,不同基因、同一基因不同片段的识别结果存在较大差异,应考虑多片段、多基因组合应用;片段01与片段02、片段05与片段06等在NMDS图上距离较近,存在相互替代性;(4)物种类群影响识别结果,eDNA研究仍需要进一步开发高识别率片段.综合物种识别率、引物通用性、NMDS分析等多方面因素,本研究推荐2×150?bp测序平台使用片段01(MiFish-U)、2×250?bp测序平台使用片段05(Ac12S),辅以片段13(Vert-16S-eDNA)等进行近缘鱼类多样性调查.本研究旨在为提高鱼类eDNA调查结果准确性提供一定技术支撑.
文献关键词：
环境DNA metabarcoding;近缘鱼类识别;12S;扩增长度;多片段
中图分类号：
作者姓名：
陈治;马春来;叶乐;杨超杰;王海山
作者机构：
海南热带海洋学院 热带海洋生物资源利用与保护教育部重点实验室,海南 三亚 572022;海南热带海洋学院 海南省热带海洋渔业资源保护与利用重点实验室,海南 三亚 572022
文献出处：
引用格式：
[1]陈治;马春来;叶乐;杨超杰;王海山-.鱼类环境DNA metabarcoding片段的近缘物种识别差异)[J].海洋学报（中文版）,2022(08):51-65
A类：
MiFish,Ac12S,近缘鱼类识别,扩增长度
B类：
metabarcoding,物种识别,eDNA,识别率,流片,蛋白质编码基因,COI,引物,通用性,遗传距离,段长度,核糖体基因,非度量多维尺度分析,NMDS,多片段,多基因,基因组合,组合应用,互替,替代性,物种类群,bp,测序平台,平台使用,Vert,16S,鱼类多样性,多样性调查,结果准确性
AB值：
0.267387
机标中图分类号，由域田数据科技根据网络公开资料自动分析生成，仅供学习研究参考。
