典型文献
GenBank中裂腹鱼类CO Ⅰ基因序列的分子标记有效性
文献摘要：
裂腹鱼类(Schizothoracids)分布有复杂的水系格局,在形态学鉴定时有些鱼种容易混淆.线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(CO Ⅰ)基因是动物学研究中常用的物种分子条形码,分析GenBank数据库中裂腹鱼类CO Ⅰ作为分子标记的有效性,可以加深理解和认识前人用这些数据所做的研究工作,也为今后更合理地使用这些数据提供参考依据.本研究对GenBank数据库中裂腹鱼类CO Ⅰ基因的分子标记有效性进行分析评估,通过同源性比对、参考序列间遗传分歧的估算和系统发育关系重建等方法,判断GenBank数据库中裂腹鱼类CO Ⅰ基因序列的同源性、序列所属鱼种鉴定的准确性,以及序列信息对系统发育关系的解析力.通过对下载的1431条序列进行多重比对发现,有3条序列与其他序列存在显著差异,同源性存疑,数据信息经BLAST相似性搜索和核查确认为,以CO Ⅰ基因的互补链形式提交的序列,比对前应先进行互补链转换.全部序列的比对结果显示,GenBank数据库中裂腹鱼类的CO Ⅰ基因片段序列均为该基因近5'端至中部的序列.权衡序列的数量和长度后,舍弃较短的35条序列,保留长度为527 bp的1396条序列进行分析,结果共定义了 228个单倍型,在有多条序列的鱼种中,普遍存在种内共享单倍型,还有41个单倍型为种间共享.裂腹鱼类CO Ⅰ单倍型的平均p-距离为9.5％,与鱼类的属级水平相当,原始、特化和高度特化类群各自的平均p-距离值更低,体现近期辐射演化的特征,可能与它们随着青藏高原演化成种的历史较短有关.GenBank中一些裂腹鱼类CO Ⅰ基因序列的鱼种鉴定存在错误,在使用时应先与参考序列对比,或从系统发育分析的角度做出判断.总体来看,CO Ⅰ基因序列能够有力解析裂腹鱼类各演化等级裂腹鱼类之间的亲缘关系,可用于分类和演化的初步分析.结合形态学、生态学、线粒体和核基因的多样性及系统发育关系等进行综合分析,将有助于更准确地界定裂腹鱼种类,同时也为深入探讨杂交和成种过程等问题奠定基础.
文献关键词：
裂腹鱼类;COⅠ;分子标记有效性;GenBank
中图分类号：
作者姓名：
袁晓倩;迪丽娜·茹斯坦木;张琪;韩洁
作者机构：
新疆大学生命科学与技术学院,新疆乌鲁木齐830046;北京师范大学生命科学学院,生物多样性与生态工程教育部重点实验室,北京100875
文献出处：
引用格式：
[1]袁晓倩;迪丽娜·茹斯坦木;张琪;韩洁-.GenBank中裂腹鱼类CO Ⅰ基因序列的分子标记有效性)[J].中国水产科学,2022(07):1073-1090
A类：
分子标记有效性,Schizothoracids
B类：
GenBank,裂腹鱼类,基因序列,水系格局,形态学鉴定,鱼种,体细胞,细胞色素,亚基,动物学,条形码,更合,分析评估,同源性,参考序列,系统发育关系,关系重建,序列信息,下载,存疑,BLAST,相似性搜索,核查,提交,段序列,舍弃,bp,单倍型,多条,种内,种间,特化,类群,青藏高原,演化成,成种,定存,系统发育分析,各演,亲缘关系,初步分析,地界,种过
AB值：
0.238438
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