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巨石斑鱼与斜带石斑鱼线粒体基因组测序及物种有效性分析
文献摘要：
为从分子水平阐明巨石斑鱼(Epinephelus tauvina)与斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)的物种有效性及分类地位,本研究采用PCR扩增和测序的方法获得巨石斑鱼和斜带石斑鱼线粒体基因组全序列,对两基因组结构特征及序列差异进行比较分析.研究表明,巨石斑鱼与斜带石斑鱼的线粒体全长分别为16787和16798 bp,序列共存在11 bp长度差异.两种石斑鱼线粒体基因组全序列由13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段非编码控制区(D-loop区)组成.对两种石斑鱼线粒体基因组13个蛋白编码基因、2个rRNA及D-loop区等分子标记序列比对分析可知,两种石斑鱼16个基因序列遗传距离差异在5.9％(16S rRNA)～40.6％(D-loop)之间,这揭示了巨石斑鱼与斜带石斑鱼在分子水平上存在较大遗传差异,超出了种以上的分化水平.基于12个蛋白编码基因构建的分子系统进化树显示,巨石斑鱼与蜂巢石斑鱼(Epinephelus merra)聚为一支,斜带石斑鱼与马拉巴石斑鱼(Epinephelus malabaricus)聚为一支,两者位于不同的分支类群,进化地位相对较远.研究结果表明,两种石斑鱼虽然外部形态特征极为相似,但分子水平存在巨大差异,亲缘关系较远,两者不能混淆为同一物种.
文献关键词：
巨石斑鱼;斜带石斑鱼;线粒体基因组;序列分析;系统进化
中图分类号：
作者姓名：
梁日深;杨杰銮;谢瑞琳;陈厚桦;李江涛;秦真东;林蠡;李清清
作者机构：
仲恺农业工程学院动物科技学院,广东 广州 510225;广东省水环境与水产品安全工程技术研究中心,广东 广州 510225;广东省水禽健康养殖重点实验室,广东 广州 510225;广州市水产病害与水禽养殖重点实验室,广东 广州 510225
文献出处：
引用格式：
[1]梁日深;杨杰銮;谢瑞琳;陈厚桦;李江涛;秦真东;林蠡;李清清-.巨石斑鱼与斜带石斑鱼线粒体基因组测序及物种有效性分析)[J].中国海洋大学学报（自然科学版）,2022(06):50-61
A类：
巨石斑鱼,tauvina,merra,malabaricus
B类：
斜带石斑鱼,鱼线,线粒体基因组,基因组测序,有效性分析,分子水平,Epinephelus,coioides,分类地位,全序,两基,基因组结构,序列差异,体全,全长,bp,长度差,蛋白编码,编码基因,tRNA,rRNA,非编码,控制区,loop,分子标记,序列比对,比对分析,基因序列,遗传距离,离差,异在,16S,遗传差异,系统进化树,蜂巢,马拉,拉巴,类群,进化地位,位相,较远,外部形态,亲缘关系,一物,序列分析
AB值：
0.195875
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