典型文献
基于WGCNA分析狼疮肾炎的关键基因
文献摘要：
目的:筛选狼疮肾炎(LN)潜在的高风险致病基因及生物学过程和通路,为LN的发病机制提供理论依据.方法:从高通量基因表达(GEO)数据库中下载GSE86425数据集,使用R语言"WGCNA"包分析正常肾脏组织和LN肾脏组织中共表达基因的变化.使用"clusterProfiler"包对与LN高度相关的模块进行功能富集分析.利用"LIMMA"包筛选出差异表达基因(DEGs),筛选出二者的共同致病基因并导入STRING数据库中进行蛋白-蛋白网络互作(PPI)分析,最后导入Cytoscape软件中筛选出关键基因(Hub).采用RT-PCR进一步验证SNF1裸鼠对照组和LN组肾脏组织中Hub基因的表达水平.结果:获得1个与LN高度相关的模块(brown模块,Cor=0.86,P<1e-200),其主要参与T细胞活化、细胞因子产生的正向调节、细胞外基质结构成分等.共筛选出294个DEGs,主要与白细胞迁移、中性粒细胞趋化作用、细胞因子介导的信号传导途径、对防御反应的正向调节等生物过程等有关.并筛选出Trim30a、Cxcl10、Irf7和Stat14个Hub基因.RT-PCR证实这些基因在LN肾脏组织中显著高于对照组肾脏组织.结论:通过多种生物信息学方法及基础实验验证获得与LN高度相关的模块和4个关键基因,为更深入地探索LN的发生发展机制提供理论依据.
文献关键词：
狼疮肾炎;生物信息学;关键基因
中图分类号：
作者姓名：
周豪坤;丁兴红;陈俊利;黄惠莲;钱俊华
作者机构：
浙江中医药大学,杭州310053;天津中医药大学,天津301617
文献出处：
引用格式：
[1]周豪坤;丁兴红;陈俊利;黄惠莲;钱俊华-.基于WGCNA分析狼疮肾炎的关键基因)[J].中国免疫学杂志,2022(10):1164-1170,1176
A类：
GSE86425,Trim30a,Irf7,Stat14
B类：
WGCNA,狼疮肾炎,关键基因,LN,致病基因,生物学过程,GEO,下载,包分析,共表达基因,clusterProfiler,功能富集分析,LIMMA,出差,差异表达基因,DEGs,STRING,蛋白网络,PPI,Cytoscape,Hub,SNF1,裸鼠,brown,Cor,1e,细胞活化,细胞外基质,基质结构,白细胞迁移,细胞趋化,趋化作用,信号传导,传导途径,防御反应,生物过程,Cxcl10,生物信息学方法,基础实验,发展机制
AB值：
0.352552
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